O estudo teve como objetivo relacionar variações no tempo da temperatura, salinidade, diversidade taxonômica e de traços funcionais do microfitoplâncton (células maiores que 20 µm) observados nas águas das enseadas de Caraguatatuba e de Ubatuba entre agosto de 2013 e fevereiro de 2015, com diferentes graus de ações antrópicas. As amostragens ocorreram em diferentes estações do ano, apresentando variabilidade hidrodinâmica e meteorológica. As concentrações de clorofila-a exibindo valores elevados em algumas estações oceanográficas próximas à costa de Caraguatatuba, acompanhando a densidade consistentemente maior de microfitoplâncton comparáveis aqueles de regiões estuarinas. Em ambas as enseadas o microfitoplâncton se manteve diverso e uniforme, porém, mostrando alta rotatividade e eventual domínio de um dado gênero. O uso de traços funcionais, complementarmente à taxonomia, ilustrou que as tipologias fisiológicas têm melhor poder de explicação da variabilidade no tempo e entre comunidades nas enseadas estudadas. A diversidade taxonômica e de traços funcionais variaram semelhantemente, com os mesmos padrões temporais entre elas e maiores valores encontrados em Ubatuba, com destaque para gêneros de diatomáceas em cadeia. As diversidades diminuíram durante as amostragens em períodos quentes e chuvosos, quando alguns gêneros dominam sobre os demais (i.e., Asterionellopsis ou Chaetoceros) guiados principalmente pela temperatura. Ao comparar Caraguatatuba e Ubatuba, os principais traços funcionais do microfitoplâncton observados favoreceram o crescimento fotossintético e a proteção contra a predação, embora com distintos gêneros dominantes e menor abundância de células em Ubatuba. Esses resultados podem auxiliar futuros esforços de monitoramento do fitoplâncton no litoral do estado de São Paulo.

The study aims to relate variations in temperature, salinity, taxonomic diversity, and functional traits of microphytoplankton (cells larger than 20 µm) observed in the Caraguatatuba and Ubatuba collected between August 2013 and February 2015, with different degrees of anthropic actions. The samplings occurred in different seasons of the year, showing hydrodynamic and meteorological variability. Chlorophyll-a concentrations displayed larger values in some nearshore stations in Caraguatatuba, concurrently with a consistently higher density of microphytoplankton, with magnitudes comparable to those found in estuarine regions. Microphytoplankton communities at both sampling sites were diverse and uniform, however, showing high turnover values and eventual dominance of given genera driven by changes in the environment. The functional physiological typologies could better explain communities' organization than taxonomy, and although temporal patterns of diversity of both were similar, high magnitudes were found at Ubatuba, highlighting the importance of chain-forming diatoms. The diversities decreased during warm and rainy samplings when some genera abundances dominated (i.e., Asterionellopsis or Chaetoceros), chiefly guided by temperature. Comparing Caraguatatuba and Ubatuba, the major microphytoplankton traits observed favored photosynthetic growth and protection against grazing, although with distinct dominant genera and lower cell abundances in Ubatuba. These results can aid future phytoplankton monitoring efforts in São Paulo state shores.