O fitoplâncton é composto por uma gama de organismos fotossintetizantes de diversas origens evolutivas. São os principais produtores primários dos oceanos embora sua biodiversidade seja muito pouco estudada, principalmente as frações do nano e picoplâncton. A composição florística dessas duas frações do fitoplâncton marinho é praticamente desconhecida nas águas brasileiras, entretanto diversos trabalhos ecológicos e oceanográficos relatam sua importância, pois são os mais abundantes nas regiões marinhas. O presente estudo teve como objetivo isolar espécies de microalgas, com ênfase nos fitoflagelados, a partir de amostras coletadas de Cananéia, Ubatuba e Santos, a fim de aumentar o conhecimento acerca da composição taxonômica desses organismos e permitir estudos futuros, envolvendo análises moleculares, ultraestruturais e fisiológicas. Para isso, foram usadas várias técnicas tradicionais de isolamento, como cultura mista, micropipetagem e diluições sucessivas, plaqueamento em ágar e diluição seriada. Foram isolados 49 cepas das classes Cyanophyceae, Trebouxiophyceae, Cryptophyceae, Bacillariophyceae, Prasinophyceae, Nephroselmidophyceae, Chrysophyceae e outros não identificados. Análises pigmentares foram realizadas em especial para o grupo das Cryptophyceae para confirmar a identificação em nível genérico. Vários dos táxons isolados representam novos registros para o estado de São Paulo e para a costa do Brasil. Os resultados do presente estudo são uma boa partida para a inclusão filogenética dos organismos isolados na costa do Brasil no contexto mundial, auxiliando a desvendar a biodiversidade críptica de espécies até o momento desconhecidas para as regiões estudadas

Phytoplankton comprises a range of photosynthetic organisms with different evolutionary origins. They are the main primary producers in the oceans but its biodiversity is poorly studied, especially on the nano and picoplankton fractions. Although the floristic composition of these two fractions of the marine phytoplankton is virtually unknown in Brazilian waters, several studies have reported the oceanographic and ecological importance of these groups, which are the most abundant in marine environment. This study aimed to isolate microalgae species with emphasis on "phytoflagellates" from samples collected in Cananéia, Ubatuba and Santos in order to increase the knowledge about their taxonomic composition and allow future studies involving molecular, ultrastructural and physiological analysis. For this, several traditional single-cell isolation techniques were used such as enrichment culture, micropipette, agar plating and serial dilutions. There were isolated 49 strains of Cyanophyceae, Trebouxiophyceae, Cryptophyceae, Bacillariophyceae, Prasinophyceae, Nephroselmidophyceae, Chrysophyceae classes and others unidentified. Pigment analyzes were performed specially on Cryptophyceae group in order to confirm their identification at generic level. Several of the isolated taxa are new records for the state of São Paulo and the coast of Brazil. The findings of this study enable the phylogenetic inclusion of organisms isolated from the Brazilian coast in a world context, helping to unravel the cryptic biodiversity of organisms hitherto unknown for the studied regions