A população de foraminíferos e tecamebas no SELCI evidenciou variação espacial, caracterizando alta dominância de hialinos e porcelanáceos no verão, e aglutinantes no inverno. Essa distribuição da microfauna estava associada a maior influência marinha dos setores externos e a forte influência do regime regional de chuvas nos setores internos. Constatou-se como bioindicadores a espécie Pararotalia cananeiaensis indicando o alcance da cunha salina nas porções internas do sistema, os miliolídeos indicando ambientes com renovação de águas marinhas e fluxos mais energéticos no sistema, o gênero Miliammina spp. e as tecamebas indicando ambientes de baixa salinidade. Através do Ic foi possível detectar o impacto do balanço entre as influências continentais e marinhas no sistema, com a intrusão salina sazonalmente distinta, devido às próprias condições regionais e geomorfológicas do sistema. Na tentativa de encontrar ambientes hipóxicos foi aplicado o IAE, porém este índice não gerou resultados satisfatórios neste sistema estuarino, visto que outros fatores representaram ser variáveis mais importantes do que a concentração de oxigênio dissolvido. O cálculo da BFAR foi testado revelando que a geomorfologia do SELCI foi um fator determinante na distribuição das espécies e que a BFAR foi uma medida qualitativa do fluxo de MO no sistema. Através das análises estatísticas multivariadas foi possível determinar as associações da microfauna, sendo estas condicionadas, nas duas campanhas, principalmente pelos fatores salinidade, substrato e profundidade.

The population of foraminifera and thecamoebians in the CILES (Cananéia-Iguape Lagoon Estuarine System) evidenced spatial variation, characterizing high dominance of hyalines and porcelanaceous during the summer and agglutinated in the winter. This microfauna distribution was associated to stronger marine influence in the outer sections and to strong regional pluviosity in the inner sections. The bioindicator species were Pararotalia cananeiaensis, evidencing the extent of the salt water wedge in the inner portion of the system, the miliolidae, indicating environments with renewal of marine water and more energetic fluxes in the system and the gender Miliammina spp. and thecamoebians indicating areas of low salinity. Trough the Ic it was possible to identify the impact of the balance between marine and fresh waters influence in the system, with saline intrusion seasonally distinct, due to the system's own regional and morphological conditions. An attempt to identify hypoxia areas was made using the AEI (Ammonia-Elphidium Index) test, however, this index did not reveal satisfactory results in this estuarine system, since other factors seem to be more representative than the dissolved oxygen concentration. The geomorphology of the CILES was proved to be a determinant factor in the distribution of the species through the BFAR (Benthic Foraminifera Accumulation Rate) calculation, which was also a qualitative measure of the flux of organic matter (TOC) in the system. Statistical analysis proved that the associations of microfauna, was driven, in both campaigns, by salinity, substract and depth.