A composição, distribuição, abundância, biomassa e produção secundária do zooplâncton do Sistema estuarino de Santos foram estudadas na baía de Santos (4 estações), canal de Santos (3 estações) e canal da Bertioga (4 estações), entre novembro de 2004 e outubro de 2005, em relação à temperatura, salinidade, material em suspensão, nutrientes dissolvidos e clorofila-a. Nas 114 amostras analisadas, o zooplâncton foi constituído de 101 táxons distribuídos em 10 filos: Arthropoda (subfilo Crustacea), Annelida (classe Polychaeta), Bryozoa, Chaetognatha, Chordata (subfilo Tunicata), Cnidaria, Ctenophora, Echinodermata, Mollusca e Phoronida, sendo o primeiro dominante. Os copépodes constituíram, em média, 85,5% do zooplâncton total. A comunidade zooplanctônica das três áreas incluiu táxons estuarinos, costeiros e oceânicos, sendo dominantes Oithona hebes, Oithona oswaldocruzi, Acartia lilljeborgi, Acartia tonsa, Bestiolina similis, Balanus spp. (náuplios), Paracalanus quasimodo, Paracalanus spp. (copepoditos), Parvocalanus scotti, Euterpina acutifrons, Pseudodiaptomus acutus, Oikopleura dioica e as larvas de Polydora spp., Aonides spp., Spionidae e Bivalvia. A abundância, biomassa e a produção secundária zooplanctônica foram maiores no canal da Bertioga, enquanto a produtividade foi maior na baía de Santos. Esses fatores estiveram associados, principalmente, à salinidade, temperatura da água e material em suspensão total.

The zooplankton´s composition, distribution, abundance, biomass and secondary production of Santos estuarine system were studied on Santos bay (4 stations), Santos channel (3 stations) and Bertioga channel (4 stations) between November 2004 and October 2005 in relation to temperature, salinity, suspended matter, dissolved nutrients and chlorophyll-a. On the 114 analyzed samples, zooplankton was constituted of 101 taxa distributed among 10 phyla: Arthropoda (subphylum Crustacea), Annelida (class Polychaeta), Bryozoa, Chaetognatha, Chordata (subphylum Tunicata), Cnidaria, Ctenophora, Echinodermata, Mollusca and Phoronida, being Arthropoda the dominant phylum. Copepoda (subphylum Crustacea) constituted on average 85,5% of total zooplankton. The zooplankton community among the three areas included estuarine, coastal and oceanic taxa, being Oithona hebes, Oithona oswaldocruzi, Acartia lilljeborgi, Acartia tonsa, Bestiolina similis, Balanus spp. (naupli), Paracalanus quasimodo, Paracalanus spp. (copepodite), Parvocalanus scotti, Euterpina acutifrons, Pseudodiaptomus acutus, Oikopleura dioica and the larvae of Polydora spp., Aonides spp., Spionidae and Bivalvia dominant. The abundance, biomass and zooplanktonic secondary production were higher on Bertioga channel, whereas the productivity was higher on Santos bay. These factors were associated mainly to salinity, water temperature and total suspended matter.