Este trabalho teve como objetivos fornecer subsídios teóricos básicos ao planejamento, implantação e operacionalidade de sistemas de monitoramento da qualidade da água e testar um método de monitoramento através de uma abordagem comparativa de bacias hidrográficas. Para o estudo de caso foram estudados dois rios do Estado de São Paulo, o rio Jacaré-Guaçu (21°37'-22°22'S e 47°43'- 48º57'W) e o rio Jaú (22°09'-22°28'S e 48°16'-48°47'W). Foram estabelecidos nove pontos de amostragem no rio Jacaré-Guaçu e oito no rio Jaú. As coletas de água ocorreram em intervalos bimestrais entre março/1995 a setembro/1995. As seguintes variáveis foram analisadas: temperatura (°C), pH, condutividade (μScm^-1), oxigênio dissolvido (mg/l), material em suspensão total (mg/l) e a composição iônica da água. Os resultados demonstraram que no rio Jaú os locais das estações foram adequados ao monitoramento, a frequência deve ser maior nos pontos sujeitos aos impactos e as principais variáveis a serem empregadas em levantamentos futuros são: temperatura, condutividade, oxigênio dissolvido, material em suspensão, Ca, Mg, Na, K, Cl e SO₄. No rio Jacaré-Guaçu há a necessidade de aumento do número de estações, a frequência foi suficiente e as variáveis mais importantes para posteriores acompanhamento são temperatura, condutividade, oxigênio dissolvido, material em suspensão, Ca, Mg, Na e K. Comparativamente o rio Jaú apresentou maior variabilidade espacial, águas menos oxigenadas e mais mineralizadas, sendo reflexo da maior riqueza do substrato geológico e pedológico, presença de impactos pontuais e pouca quantidade de matas ciliares. O rio Jacaré-Guaçu apresentou menor variabilidade espacial, águas mais oxigenadas com concentrações iônicas mais baixas devido a menor riqueza geo-pedológica da bacia, ausência de fontes pontuais e maior proteção por matas ciliares.

The main subject of the present work is to offer teoretical basis for planning, implantation and operation of water quality monitoring system, and to test a method of monitoring using a comparative watershed approach, were studied two rivers in the São Paulo State, the Jacaré-Guaçu river (21º37'- 22º22'S and 47º43'-48º57'W) and the Jaú River (22º09'-22º28'S and 48º16'-48º47'W). Nine sampling points in the Jacaré-Guaçu River and eight in the Jaú River were established. The water sampling was realized once each two months from March/1995 to September/1995. The following variables were analyzed: temperature (°C), pH, conductivity (μScm^-1), dissolved oxygen (mg/l), total suspended solids (mg/l) and ionic water composition. The results demonstrate that in the Jaú River the sampling points were adequate for monitoring, the frequency must be higher in the sites subject to impact and the principal variables to be utilized on future surveys are: temperature, conductivity, dissolved oxygen, total suspended solids, Ca, Mg, Na, K, Cl, SO₄. In the Jacaré-Guaçu River the number of sampling points must be increased, the frequency was adequate and most important variables for future studies are temperature, conductivity, dissolved oxygen, total suspended solids, Ca, Mg, Na and K. Comparatively the Jaú River showed higher spatial variability less oxygenated water and higher mineralization, due to high pedological and geological substrate richness, point sources existence and less riparian forests. The Jacaré-Guaçu River showed less spatial variability, more oxygen water with lower ionic concentrations due the lower geological and pedological watershed richness, absence of pollution from point sources and higher riparian Forest protection.