O Tronco encefálico é uma estrutura singular do sistema nervoso central, pois nele passam tratos sensoriais ascendentes da medula espinal, tratos sensoriais da cabeça e do pescoço, os tratos descendentes motores originados no prosencéfalo, as vias ligadas a centros de movimento dos olhos, contemos núcleos dos nervos cranianos, e também está envolvido na regulação do nível de consciência através de projeções ao prosencéfalo oriundas da formação reticular. Tudo isto compactado em um espaço muito exíguo o que faz deste um local particularmente sensível às alterações patológicas, mesmo que pequenas, que acabam cursando com uma riqueza de sinais neurológicos devido a presença muito próxima das estruturas já citadas. Compreender a anatomia interna do tronco encefálico é essencial para o diagnóstico neurológico e a prática da medicina clínica. Por tudo que foi exposto, o tronco encefálico é um terreno fértil para o estudo através do diagnóstico por imagem, principalmente quando realizado por novas tecnologias, como exames em aparelho de ressonância magnética de alto campo (3 teslas). No entanto, pouco se sabe sobre as correlações existentes entre a microscopia e as imagens de ressonância magnética do tronco encefálico. Sendo assim, o objetivo deste estudo foi analisar e correlacionar as diversas estruturas encontradas no tronco encefálico, visualizadas em peças microscópicas de encéfalos humanos post mortem, com as imagens de ressonância magnética dos mesmos, antes da dissecção, mapeandoas e discernindo-as, contribuindo assim para diagnósticos mais precisos e topográficos das patologias que acometem o tronco encefálico, justificando o presente estudo. O estudo foi de caráter observacional exploratório e descritivo, adotando as seguintes técnicas para coleta da informações: os encéfalos humanos (n=3) foram submersos em recipiente contendo água e então lacrados de forma que o ar ambiente não entrasse no recipiente. As imagens de RM foram adquiridas em sequência gradiente echo (FFE) 2D em equipamento de campo 3T (PHILIPS ACHIEVA), com bobina de 8 canais de encéfalo. Foi utilizado TE=9,0 ms, TR=1000 ms e o ângulo de flip 90°; número de médias igual 10 e BW por pixel igual a 72 Hz/pixel. O Fator EPI utilizado foi igual a um e a resolução espacial de 0,219x0,219x2,0 mm3 com FOV de 210x210x90mm3. O tempo total de aquisição foi de 3 horas e 01 minuto e 96 segundos. Imagens histológicas utilizadas no presente estudo são do banco de dados do departamento de patologia da UNICAMP e foram comparadas às imagens obtidas na ressonância magnética. Demonstramos que foi possível a identificação das estruturas visíveis, histologicamente, nas imagens obtidas, com definição e resolução suficiente para a geração de um atlas de imagens de ressonância magnética de cortes do tronco encefálico

The Brainstem is a unique structure of the central nervous system, because in it pass ascending sensory tracts of the spinal cord, sensory tracts of head and neck, descending tracts originated in the forebrain, the pathways linked to eye movement centers, contains nuclei of cranial nerves, and is also involved in regulating the level of consciousness through projections to the forebrain that arise from the reticular formation. All these estructures are packed into a very small space which makes the brainstem a particularly sensitive place to pathological changes, that bring up a large amount of neurological signs due to very close packing of the aforementioned structures.Understanding the internal anatomy of the brainstem is essential for the neurological diagnosis and the clinical medicine practice. Thus, the brainstem is fertile ground for the study through diagnostic imaging, especially when performed by new technologies such as high-field (3 tesla) MRI machines. However, little is known about the correlation between the microscopy and magnetic resonance imaging of the brainstem. The aim of this study was to analyze and correlate the various structures found in the brainstem, viewed in microscopic slides of human brains post mortem, with the magnetic resonance imaging thereof, prior to dissection, mapping them and defining them, thus contributing to more accurate diagnoses and surveying of pathologies that affect the brainstem. Human brains (n = 3) were submerged in a container containing water, and then sealed so that the ambient air does not enter the container. MRI images were acquired in gradient echo sequence (FFE) 2D 3T field equipment (PHILIPS ACHIEVA) with coil 8- channel brain. It was used TE = 9.0 ms, TR = 1000 ms and flip angle 90°; number of averages equal to 10 and BW per pixel equal to 72 Hz/pixel. Factor PPE used was equal to one and the spatial resolution of FOV with 0,219x0,219x2,0 mm3 210x210x90mm3. The total acquisition time was 3 hours, 01 minute and 96 seconds. Histological images used in this study are from the pathology department of State University of Campinas (UNICAMP) database and compared to images obtained in MRI. We demonstrated that it was possible to identify histologically visible structures in images acquired with sufficient resolution and definition to generate an magnetic resonance imaging atlas of the brainstem sections