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Tese de Doutorado
DOI
https://doi.org/10.11606/T.17.2022.tde-03012023-102649
Documento
Autor
Nome completo
Thiago Lyrio Teixeira
Unidade da USP
Área do Conhecimento
Data de Defesa
Imprenta
Ribeirão Preto, 2022
Orientador
Banca examinadora
Machado, Hélio Rubens (Presidente)
Centeno, Ricardo Silva
Hamad, Ana Paula Andrade
Lopes, Luiza da Silva
Título em português
Mapeamento completo do exoma em displasias corticais focais tipo II em crianças e adolescentes
Palavras-chave em português
Displasia cortical focal tipo II
Epilepsia de difícil controle
Exoma
Malformações do desenvolvimento cortical
Resumo em português
A displasia cortical focal (DCF) compreende um espectro das malformações focais do desenvolvimento cortical, caracterizada pela alteração da citoarquitetura do córtex cerebral, observando-se no tipo II a presença de neurônios dismórficos com ou sem células em balão. Alterações genéticas, especialmente da via mTOR, são responsáveis pela sua gênese. Representam a maior causa de epilepsia farmacorresistente em crianças e são responsáveis por grande morbidade na população pediátrica. O objetivo deste estudo foi avaliar os possíveis genes envolvidos e os tipos de mutações responsáveis pelo surgimento da DCF tipo II em crianças e adolescentes. Foram incluídos dezoito pacientes consecutivos, com faixa etária entre zero a 18 anos de idade, submetidos a procedimento cirúrgico para tratamento de epilepsia de difícil controle no Hospital das Clínicas da Faculdade de Ribeirão Preto da Universidade de São Paulo, com diagnóstico histopatológico de DCF tipo II. Foram obtidas amostras do parênquima cerebral e de sangue periférico durante o procedimento cirúrgico para tratamento da epilepsia e realizada análise genômica do tecido cerebral por meio de três metodologias distintas: Whole Exome Sequencing (WES), Amplicon e Ampliseq. Os dados gerados foram analisados a partir de técnicas de bioinformática, em plataforma R, sendo alinhados contra o genoma de referência utilizando-se o algoritmo "bowtie2" (genoma humano - hg19). Mutações somáticas nos genes MTOR (93%), DEPDC5 (67%), PIK3CA (33%) e TSC1 (27%) foram encontradas em frequência maior do que a previamente descrita na literatura, podendo variar de acordo com a metodologia de pesquisa utilizada. Isso reforça a importância da via mTOR na gênese das DCF tipo II e evidencia a necessidade da adequada seleção da metodologia de pesquisa quando da busca por essas mutações. Mutações patogênicas nos genes GPAT2, BAGE2.BAGE3 e ARMCX4 foram observdas em mais de um dos pacientes da amostra estudada. Missense foi o tipo de mutação mais frequente nesses pacientes. Não houve nenhuma importante diferença do perfil genético e das mutações entre os pacientes com DCF tipo IIa e IIb.
Título em inglês
Complete exome mapping in type II focal cortical dysplasias in children and adolescents
Palavras-chave em inglês
Exome
Focal cortical dysplasia type II
Malformations of cortical development
Refractory epilepsy
Resumo em inglês
Focal cortical dysplasia (FCD) comprises a spectrum of focal malformations of cortical development characterized by alterations in the cytoarchitecture of the cerebral cortex, with type II having dysmorphic neurons with or without balloon cells. Genetic alterations, especially of the mTOR pathway, are responsible for its genesis. They represent the major cause of drug-resistant epilepsy in children and are responsible for high morbidity in the pediatric population. The aim of this study was to evaluate the possible genes involved and the types of mutations responsible for the emergence of type II FCD in children and adolescents. Eighteen consecutive patients were included, aged between 0 and 18 years old, submitted to a surgical procedure for the treatment of refractory epilepsy at the Clinical Hospital ofRibeirãoPreto/SP and with a histopathological diagnosis of focal cortical dysplasia type II. Brain parenchyma and peripheral blood samples were obtained during the surgical procedure for the treatment of epilepsy and genomic analysis of brain tissue was performed using three different methodologies: Whole Exome Sequencing (WES), Amplicon and Ampliseq. The generated data were analyzed using bioinformatics techniques, in R platform, being aligned against the reference genome using the "bowtie2" algorithm (human genome - hg19). Somatic mutations in the MTOR (93%), DEPDC5 (67%), PIK3CA (33%) and TSC1 (27%) genes were found at a higher frequency than previously described in the literature, and may vary according to the research methodology used. This reinforces the importance of the mTOR pathway in the genesis of type II FCD and highlights the need for an adequate selection of research methodology when searching for these mutations. Pathogenic mutations in the GPAT2, BAGE2.BAGE3 and ARMCX4 genes were seen in more than one of the patients in the studied sample. Missense was the most frequent type of mutation in these patients. There were no important differences in the genetic profile and mutations between patients with type IIa and IIb FCD.
 
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Data de Publicação
2023-01-16
 
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