O objetivo deste trabalho foi quantificar o DNA fetal livre de células (cffDNA) circulante no plasma de gestantes, utilizando marcadores InDels por Real-Time PCR (qPCR) e estabelecer a evolução da quantidade relativa de cffDNA de acordo com a idade gestacional. Para isso, as condições laboratoriais de amplificação de primers inserção e deleção-específico/flanqueador de oito lócus InDels (rs138730495, rs111797680, rs66501513, rs72083748, rs148112183, rs67519581, rs1610941, rs151001596) foram padronizadas na qPCR e destes, dez primers apresentaram especificidade para as análises do DNA fetal circulante. Foram coletadas amostras de swab bucal e sangue periférico de 164 gestantes, em parceria com a Secretaria Municipal de Saúde de Ribeirão Preto-SP e selecionadas as mães informativas (del/del ou in/in) em cada locus InDel, com primers flanqueadores, na PCR Convencional. A quantificação do cffDNA no plasma materno foi realizada com os primers InDels alelo-específicos e a quantificação de DNA plasmático total, utilizando primers direcionados a sequências do gene endógeno da β-globina. Não houve evidências de diferença na concentração de DNA total circulante entre os trimestres gestacionais (Kruskal-Wallis X²(2) = 0.80, p = 0,668). A fração fetal foi estimada em 10,0%, 14,3% e 18,9%, nos sucessivos trimestres gestacionais. Nosso painel de InDels foi informativo em 64% das amostras, com quantificação de 105 das 164 gestantes analisadas. As quantificações com marcadores InDels apresentaram concordância e forte correlação (ρ=0,77, p<0,001) com aquelas obtidas com primers para sequências do gene SRY, em gestantes com feto masculino. O perfil de ancestralidade das gestantes foi inferido pela análise de um painel de 12 AIMs (ancestry informative markers - AIMs) e a relação da ancestralidade, bem como do IMC materno, com fração fetal foi avaliada por meio de uma regressão linear. A idade gestacional foi associada a um aumento da fração fetal (p=0,0018 [IC 95%, 0,017-0,077]) e não houve evidências de associação entre o IMC ou a ancestralidade materna com a quantidade relativa de DNA fetal circulante.

The objective of this study was to quantify the cell-free fetal DNA (cffDNA) circulating in the plasma of pregnant women, using InDels markers by Real-Time PCR (qPCR) and to establish the evolution of the relative amount of cffDNA according to gestational age. For this, the laboratory conditions for amplification of insertion and deletion-specific/flanking primers of eight InDels locus (rs138730495, rs111797680, rs66501513, rs72083748, rs148112183, rs67519581, rs1610941, rs15100159 were standardized in qPCR and of these, ten primers showed specificity for analyzes of circulating fetal DNA. Buccal swab and peripheral blood samples were collected from 164 pregnant women, in partnership with the Municipal Health Department of Ribeirão Preto-SP and the informative mothers (del/del or in/in) were selected at each InDel locus, with flanking primers, in Conventional PCR. Quantification of cffDNA in maternal plasma was performed using allele-specific InDels primers and quantification of total plasma DNA using primers directed to sequences of the endogenous β-globin gene. There was no evidence of difference in the concentration of total circulating DNA between gestational trimestres (Kruskal-Wallis X²(2) = 0.80, p = 0,668). The fetal fraction was estimated at 10.0%, 14.3% and 18.9%, in successive gestational trimesters. Our panel of InDels was informative in 64% of the samples, with quantification of 105 of the 164 pregnant women analyzed. Quantifications with InDels markers showed agreement and strong correlation (ρ=0.77, p<0.001) with those obtained with primers for SRY gene sequences, in pregnant women with a male fetus. The pregnant women's ancestry profile was inferred by analyzing a panel of 12 AIMs (ancestry informative markers - AIMs) and the relationship between ancestry, as well as maternal BMI, with fetal fraction was evaluated using a linear regression. Gestational age was associated with an increased fetal fraction (p=0.0018 [95% CI, 0.017-0.077]) and there was no evidence of an association between BMI or maternal ancestry with the relative amount of circulating fetal DNA.