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Mémoire de Maîtrise
DOI
https://doi.org/10.11606/D.17.2019.tde-08042019-164618
Document
Auteur
Nom complet
Nádia Carolina de Aguiar Fracasso
Adresse Mail
Unité de l'USP
Domain de Connaissance
Date de Soutenance
Editeur
Ribeirão Preto, 2014
Directeur
Jury
Mendes Junior, Celso Teixeira (Président)
Cerqueira, Caio Cesar Silva de
Rave, Cintia Fridman
Titre en portugais
Diversidade do gene SLC45A2 na população urbana brasileira: associações entre SNPs e fenótipos da pigmentação
Mots-clés en portugais
Haplótipos
Pigmentação
População brasileira
SLC45A2
SNPs
Resumé en portugais
O gene SLC45A2 codifica a proteína transportadora associada à membrana (MATP), que está envolvida na síntese da melanina através do transporte da tirosinase e/ou de prótons para dentro dos melanossomos. Uma vez que a determinação da cor dos olhos, dos cabelos e da pele de amostras encontradas em cenas de crime seria de grande valor em casos forenses, o presente estudo teve como objetivo investigar os polimorfismos do gene SLC45A2 e seus alelos, genótipos e haplótipos e suas associações com tais características da pigmentação em uma amostra miscigenada da população brasileira. Para atingir este objetivo, 12 SNPs do gene SLC45A2 foram avaliados em 296 indivíduos não aparentados na região de Ribeirão Preto, Estado de São Paulo, Brasil. O DNA foi extraído pelo método salting-out e os SNPs foram genotipados por PCR-RFLP ou PCR alelo-específica, seguido por eletroforese em gel de poliacrilamida 10% e corados com nitrato de prata. Para averiguar a existência de associações entre as frequências dos alelos, genótipos, haplótipos ou variantes proteicas e um determinado fenótipo o teste exato de Fisher foi aplicado com uso do programa GraphPad InStat 3.06. Os haplótipos para cada indivíduo foram inferidos por dois métodos computacionais independentes: PHASE and PL-EM. Alelos e genótipos de 8 SNPs apresentaram associações significativas com pelo menos uma das quarto características morfológicas consideradas (presença de sardas, cor dos olhos, cabelos e pele). Os alelos rs181832*T, rs2287949*G, rs250417*G e 374Phe (rs16891982) estavam associados com características claras da pigmentação, enquanto os alelos rs181832*C, rs2287949*A, rs250417*C e 374Leu se mostraram associados com características escuras. Considerando-se 270 indivíduos que tiveram seus haplótipos inferidos com sucesso, foram identificados 34 (18 novos) haplótipos diferentes. Este conjunto de haplótipos resulta na codificação de quatro variantes proteicas distintas, determinadas pelos SNPs rs26722, rs16891982 e rs3733808. O haplótipo hp9 foi o mais frequente (58,3%) e se mostrou associado com a presença de cabelos loiros, olhos azuis, pele clara e presença de sardas, e também com a ausência de olhos castanho escuros, cabelos pretos e pele escura. Em termos de proteínas distintas, a proteína A, codificada por dez haplótipos distintos, incluindo o hp9, foi a mais frequente (61,48%) e também se mostrou associada com características claras da pigmentação, enquanto que a proteína B, codificada por doze haplótipos distintos foi a segunda mais frequente (24,28%) e se mostrou associada com características escuras da pigmentação. O presente estudo permitiu constatar associações significativas entre alelos/genótipos/haplótipos/proteínas com diferentes características de pigmentação e a variação nas frequências alélicas de alguns SNPs na presente amostra é consistente com a existência de mistura inter-étnica na população de Ribeirão Preto.
Titre en anglais
SLC45A2 gene diversity in the Brazilian urban population: association between SNPs and pigmentation phenotypes
Mots-clés en anglais
Brazilian population
Haplotypes
Pigmentation
SLC45A2
SNPs
Resumé en anglais
The SLC45A2 gene encodes the Membrane-Associated Transporter Protein (MATP), which mediates melanin synthesis by tyrosinase trafficking and/or proton transportation to melanosomes. Since the determination of eye, hair and skin pigmentation of unknown samples found in crime scenes would be of great value for forensic caseworks, the present study aimed to further investigate the polymorphisms of the SLC45A2 gene and the association of their alleles, genotypes or haplotypes with such pigmentation traits in an admixed Brazilian population sample. To achieve this goal, 12 SLC45A2 SNPs were evaluated in 296 unrelated individuals from the Ribeirão Preto area, São Paulo State, Brazil. DNA was extracted by salting-out and SNPs were genotyped by PCR-RFLP or Allele-Specific PCR, followed by 10% Polyacrylamide Gel Electrophoresis colored by silver staining. To investigate the associations between the frequencies of alleles, genotypes, haplotypes or protein variants and a given phenotype the Fisher exact test was applied by means of the GraphPad InStat 3.06 program. Haplotypes of each individual were inferred by two independent computational methods: PHASE and PL-EM. Alleles and genotypes from 8 SNPs presented statistically significant associations with at least one of the four considered morphological features (presence of freckles and eye, hair and skin pigmentation). Alleles rs181832*T, rs2287949*G, rs250417*G and 374Phe (rs16891982) were observed in association with fair pigmentation features, while alleles rs181832*C, rs2287949*A, rs250417*C and 374Leu are associated with dark pigmentation. Considering the 270 individuals with successful haplotype inferences, 34 different (18 new) haplotypes were identified. This set of haplotypes encodes four distinct protein variants, determined by SNPs rs26722, rs3733808 and rs16891982. The hp9 haplotype was the most frequent (58.3%) and was associated with the presence of blond hair, blue eyes, fair skin and presence of freckles, and with the absence of dark brown eyes, black hair and dark skin. In terms of distinct proteins, the protein A encoded by ten distinct haplotypes, including hp9, was the most common (61.48%) and was also associated with light pigmentation characteristics, while protein B encoded by 12 distinct haplotypes, was the second most common (24,28%) and was associated with dark pigmentation characteristics. This work has found significant associations between alleles/genotypes/haplotypes/proteins with different pigmentation characteristics and variation in allele frequencies of some SNPs in this sample is consistent with the existence of inter-ethnic admixture of the population of Ribeirão Preto.
 
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Date de Publication
2019-07-01
 
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