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Doctoral Thesis
DOI
https://doi.org/10.11606/T.17.2023.tde-05062023-132221
Document
Author
Full name
Leonardo Sartori Menegatto
Institute/School/College
Knowledge Area
Date of Defense
Published
Ribeirão Preto, 2023
Supervisor
Committee
Paz, Claudia Cristina Paro de (President)
Oliveira, Giancarlo Conde Xavier
Zambonato, Gabriel Henrique Marroig
Sene, Fábio de Melo
Title in Portuguese
Evidências e componentes de seleção em ovinos para resistência e tolerância a verminoses
Keywords in Portuguese
Assinaturas de seleção
Corridas de homozigose
Evolucionabilidade
Haemoncus contortus
Santa Inês
Seleção artificial
Abstract in Portuguese
Um grande desafio à produção de ovinos (Ovis aries) é a ocorrência de infecções por parasitas gastrointestinais, destacando-se no Brasil o nematóide Haemonchus contortus. Foi realizado um primeiro trabalho de identificação de corridas de homozigose e assinaturas de seleção em ovinos Santa Inês para características de resistência e tolerância a tais infecções, coletando-se parâmetros imunológicos de 1.283 animais, de sete fazendas, com genotipagem de 638 ovinos pelo chip Ovine SNP50 BeadChip. Foram realizadas análises de agrupamento e observados resultados diferenciais entre grupos, cuja investigação de genes e locos de características quantitativas (QTL's) de tais regiões revelou enriquecimento funcional para funções mais genéricas para a tolerância, incluindo resposta crônica, homeostase e associação com eritrócitos, diferentemente da resistência, que apresentou enriquecimento para imunidade inata. Contudo, considerando ausência de programas de melhoramento genético focados em atributos imunológicos, hipotetizou-se que tais regiões genômicas estariam sendo selecionadas por seleção artificial indireta e seleção natural relaxada, motivando um estudo aprofundado de componentes de seleção. Produziu-se um segundo trabalho, de natureza teórica, com a proposta de um modelo abarcando uma forma de verificar a rede de seleção, apresentando-se a estatística de variação na evolucionabilidade (evolvability, do inglês), a qual compreende a razão da diferença de resposta com seleção observada e esperada pelo desvio-padrão ambiental. Tal estatística foi testada em um terceiro trabalho com populações de animais selvagens com uso de dados fenotípicos e genotípicos e com uma população de uma planta doméstica para testar a convivência de seleção natural com seleção sexual e/ou seleção artificial. Demonstrada a aplicabilidade do modelo, o mesmo foi testado para a primeira população de ovinos e seus dados foram comparados com os do primeiro trabalho, concluindo-se que ambas formas de seleção contribuem para os fenômenos de resistência e tolerância, mas há diferença quanto ao rol de características selecionadas, à força da seleção e ao tipo de seleção sofrido.
Title in English
Selection evidences and components for resistance and resilience to worms in sheep
Keywords in English
Artificial selection
Evolvability
Haemoncus contortus
Runs of homozigosity
Santa Inês
Selection signatures
Abstract in English
A major challenge to sheep (Ovis aries) production is the occurrence of infections by gastrointestinal parasites, especially the nematode Haemonchus contortus in Brazil. A first study was carried out to identify runs of homozigosity and selection signatures in Santa Inês sheep for resistance and resilience traits to such infections, collecting immunological parameters from 1,283 animals, with genotyping of 638 animals by Ovine SNP50 Beadchip, from seven farms. Cluster analyzes were performed and differential results were observed between groups, whose gene and quantitative trait loci (QTL) from such regions revealed functional enrichment to more generic functions for resilience, including chronic response, homeostasis and association with erythrocytes, and to innate immunity for resistance. However, considering the absence of breeding programs focused on immunological goals, it was hypothesized that those genomic regions would be being selected by indirect artificial selection and relaxed natural selection, motivating an in-depth study of selection components. A second and theoretical study was accomplished with the proposal of modeling evolution, with special focus on net selection detection, presenting the evolvability variation as the main statistic, which was conceptualized as the reason of the observed and expected selection gains difference by the environmental standard deviation. This statistic was tested in a third study with populations of wild animals using phenotypic and genotypic data and with a domestic plant population to check the coexistence of natural selection with sexual selection and/or artificial selection. Once the model applicability was showed, it was tested for the sheep first population and its data were compared with those of the first study, concluding that both kinds of selection contribute to both resistance and resilience phenomena, but there are differences in the traits selected, the selection strength and the selection type suffered.
 
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Publishing Date
2023-06-12
 
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