A alta diversidade observada em Anastrepha fraterculus em toda sua área de distribuição caracteriza a existência do complexo fraterculus. A correta identificação de espécies de Anastrepha aparentadas atualmente exige a utilização de uma série de técnicas. Assim, o presente trabalho propõe verificar quão semelhantes os morfotipos de duas populações do complexo A. fraterculus são, usando dados morfológicos (morfometria tradicional e geométrica) e moleculares (marcadores nucleares e mitocondriais). As amostras de dois municípios do Paraguai (Concepción e Santa Rosa) foram analisadas e seis morfotipos (chamados de M1 a M6) foram reconhecidos (M1-M5 em Concepción; M1-M4 e M6 em Santa Rosa), com base nas variações do ápice do acúleo, e um morfotipo com o acúleo típico do complexo fraterculus. A análise multivariada das oito medidas tomadas a partir do acúleo indicaram diferenças entre todos os morfotipos. A análise morfométrica baseada na morfometria convencional também revelou a existência de variabilidade entre os morfotipos estudados, mas alguns espécimes do morfotipo M4 foram similares aos espécimes de morfotipos M5 e M3, em Concepción. As asas também foram submetidas à morfometria geométrica usando 20 marcos, que indicou a existência de variabilidade entre e dentro dos morfotipos. Morfotipos da população de Concepción tendem a formar grupos distintos. No entanto, além das variações morfológicas de morfotipos de ambas as populações analisadas, sequências parciais da citocromo oxidase I gene (Cox1) e região do espaçador interno transcrito 1 (ITS1) foram muito semelhantes entre si. Portanto, esses marcadores moleculares não diferenciaram os morfotipos estudados, os quais foram muito similares aos espécimes com o acúleo típico do complexo fraterculus.

The high diversity observed in Anastrepha fraterculus throughout its distribution range characterizes the existence of the fraterculus complex. The correct identification of closely related species of Anastrepha currently requires the use of a number of techniques. Thus, the present work is proposed to verify how similar morphotypes of two populations of the A. fraterculus complex are, by using morphological (conventional and geometric morphometry) and molecular (nuclear and mitochondrial markers) data. Specimens from two municipalities of Paraguay (Concepción and Santa Rosa) were analyzed and six morphotypes (named from M1 to M6) were recognized (M1-M5 in Concepción; M1-M4 and M6 in Santa Rosa) based on variations in the apex of the aculeus, and a morphotype with the typical aculeus of the fraterculus complex. Multivariate analysis of eight measurements taken from the aculeus indicated differences among all morphotypes. Morphometric analysis based on conventional morphometry also revealed the existence of variability among the morphotypes studied, but some specimens from morphotype M4 were similar to specimens from morphotypes M5 and M3 in Concepción. Wings were also subjected to geometric morphometry by using 20 landmarks, which indicated the existence of variability between and within morphotypes. Morphotypes from the population of Concepcion tended to form separate groups. However, besides the morphological variations observed for morphotypes from both populations analyzed, partial sequences of the citochrome oxidase I (Cox1) gene and the internal transcribed spacer 1 (ITS1) region were highly similar among them. Therefore, these molecular markers did not differentiate the morphotypes studied and were highly similar to specimens with the aculeus shape typical of the fraterculus complex.