Citrus leprosis (CL) is a non-systemic disease affecting citrus orchards mainly in Latin America. Vectored by mites of the genus Brevipalpus, the disease is caused by a heterogeneous group of viruses of the genera Cilevirus (family Kitaviridae) and Dichorhavirus (Family Rhabdoviridae), which are collectively known as Brevipalpus-transmitted viruses (BTVs). Originally described in Florida, USA, at the end of the 19^th century, CL was detected in the 1930s in Brazil, Argentina, and Paraguay and, more recently, in several countries in Latin America. Citrus leprosis is caused mainly by the cilevirus citrus leprosis virus C (CiLV-C) and, in less extension, by BTVs whose molecular diversity has been poorly understood. The current study aimed to deeply describe the CiLV-C population and to characterize three new dichorhaviruses causing CL. To address the CiLV-C variability, we examined a cohort of 425 symptomatic samples collected over Latin America in the period 1932-2019, including eight herborized samples conserved for more than 80 years. Diversity and phylogenetic evaluation indicated that the CiLV-C population is subdivided into three lineages, named CRD, SJP, and ASU, whose members show signs of inter-clade recombination processes. Members of the clade CRD were identified widespread in the subcontinent in samples collected as early as 1932, while those of the clade SJP were restricted to commercial orchards in the citrus belt of São Paulo-Minas Gerais, in samples collected after 2015. The lineage ASU is represented by a single isolate collected in Asunción, Paraguay, in 1937, and the diversity and distribution of current members, if any, are still unknown. The most recent common ancestor of viruses of the three lineages likely originated in contact with native vegetation in a wild ecosystem of South America before the citrus introduction in America. Current subpopulations of CiLV-C are genetically well-differentiated, show a very low genetic diversity where almost every haplotype is unique, and, as a whole, are under purifying selection. Three new species of dichorhaviruses were identified in samples of sweet oranges (Citrus sinensis) collected in non-commercial or small orchards of distant and climatically distinct regions in Brazil. While citrus leprosis virus N (CiLV-N) and citrus bright spot virus (CiBSV) were detected in the Southern and Southeastern regions, citrus chlorotic spot virus (CiCSV) was found in the Northeast of the country. Besides sweet oranges, CiCSV naturally infects plants of the species Talipariti tiliaceum, and Agave desmettiana. CiLV-N is transmitted by mites of the species Brevipalpus phoenicis s.s., which also likely vector CiBSV. In contrast, CiCSV is transmitted by B. yothersi, the most abundant Brevipalpus spp. in citrus orchards in Brazil, and the primary vector of CiLV-C, whereas B. aff. yothersi mites, probably a new species, might also transmit it. In addition to disclosing the structure and the evolutionary forces driving the population of CiLV- C, this work reveals new CL-causing BTVs. Altogether, it exposes a fragment of the challenging scenario for the development of the citrus industry facing the latent risk of crop saturation by the prevalent viruses and the threat of the putative emergent ones.

A leprose dos citros (LC) é uma doença não sistêmica que afeta os pomares de citros principalmente na América Latina. Transmitida por ácaros Brevipalpus, a doença é causada por um grupo heterogêneo de vírus dos gêneros Cilevirus (família Kitaviridae) e Dichorhavirus (família Rhabdoviridae), conhecidos coletivamente como vírus transmitidos por Brevipalpus (VTBs). Descrita pela primeira vez na Flórida/EUA, no final do século 19, a LC foi detectada na década de 1930 no Brasil, Argentina e Paraguai e mais recentemente em diversos países latino-americanos. A LC prevalente é causada pelo cilevirus citrus leprosis virus C (CiLV-C) e em menor extensão por outros VTBs cuja diversidade molecular ainda não foi bem compreendida. O presente estudo teve como objetivo descrever detalhadamente a população de CiLV-C e caracterizar três novos dichorhavirus que causam a LC. Para as análises da população de CiLV-C, examinamos um conjunto de 425 amostras sintomáticas de citrus coletadas na América Latina no período de 1932-2019, incluindo oito amostras herborizadas conservadas por mais de 80 anos. Análises de diversidade e filogenia indicaram que a população do CiLV-C é subdividida em três linhagens, denominadas CRD, SJP e ASU, cujos membros apresentam sinais de processos de recombinação interclados. Membros do clado CRD foram identificados amplamente no subcontinente desde 1932, enquanto os do clado SJP foram restritos a pomares comerciais no cinturão citrícola de São Paulo-Minas Gerais, em amostras coletadas após 2015. A linhagem ASU é representada por apenas um isolado coletado em Assunção, Paraguai, em 1937, e a diversidade e distribuição dos atuais membros, se houver, ainda são desconhecidas. O ancestral comum mais recente das três linhagens provavelmente originou-se em contato com a vegetação nativa em um ecossistema selvagem da América do Sul, antes da introdução dos citros na América. As subpopulações atuais de CiLV-C são geneticamente bem diferenciadas, apresentam diversidade genética muito baixa, onde quase todos os haplótipos são únicos, e sob purificação. Três novas espécies de dichorhavirus foram identificadas em amostras de laranjeiras doce (Citrus sinensis) coletadas em pomares não comerciais ou em pequenos pomares de regiões distantes e climaticamente distintas do Brasil. Enquanto o citrus leprosis virus N (CiLV-N) e o citrus bright spot virus (CiBSV) foram detectados nas regiões Sul e Sudeste, o citrus chlorotic spot virus (CiCSV) foi encontrado na região Nordeste. Além de laranja doce, o CiCSV infecta naturalmente plantas das espécies Talipariti tiliaceum e Agave desmettiana. O CiLV-N é transmitido por ácaros da espécie Brevipalpus phoenicis s.s., que também provavelmente é o vetor do CiBSV. Por sua vez, o CiCSV é transmitido por B. yothersi, a espécie mais abundante em pomares de citros no Brasil e o principal vetor do CiLV-C, enquanto B. aff. yothersi, provavelmente uma nova espécie, também é capaz de transmiti-lo. Além de revelar a estrutura e as forças evolutivas que impulsionam a população de CiLV-C, este trabalho revela novos VTBs causadores da LC. Ademais, expõe um fragmento do cenário desafiador para o desenvolvimento da citricultura frente ao risco de saturação em áreas cultiváveis pelos vírus prevalentes e a ameaça dos supostos emergentes.