Humulus lupulus is a plant originally cultivated in Europe for their cones, which are used in the beer making process. Brazil has a large beer industry but its traditionally unsuitable climate has limited cultivation of the plant. A dedicated hop breeding program is necessary to produce unique Brazilian cultivars that are suited to the climate and are profitable for the growers. A deeper understanding of the available germplasm is necessary to build a strong foundation for breeding programs. This study seeks to meet those needs by using a genotype-by-sequencing approach; first to provide an understanding of the available genetic diversity of hops in Brazil, and second, to provide a means for discerning the accuracy of cultivar labeling. The study first isolated the Cascade reference genome as well as the bcf tools variant caller as the most suitable for the current data set. The study then used 5971 high-quality single nucleotide polymorphisms to distinguish 2 distinct populations. Four SSR markers were found, but analysis has called into question the use of these SSR markers for cultivar identification. From both the marker analysis and the diversity analysis it is clear that there has been some mislabeling among the cultivars present in Brazil, however, it is not yet possible to use these markers for cultivar identification.

Humulus lupulus é uma planta originalmente cultivada na Europa para produção de cones, que são utilizados na fabricação de cerveja. O Brasil tem uma grande indústria cervejeira, mas o cultivo do lúpulo tem sido limitado devido às condições climáticas inadequadas para a cultura. Um programa de melhoramento de lúpulo no Brasil é necessário para o desenvolvimento de cultivares adaptadas ao clima e rentáveis para o produtor rural. Para construir uma base sólida para os programas de melhoramento é necessária uma compreensão mais profunda do germoplasma disponível. Objetivou-se no estudo suprir essa necessidade utilizando o método de genotipagem por sequenciamento (GBS, em inglês) para ampliar a compreensão da diversidade genética de lúpulo disponível no Brasil, assim como desenvolver meios discernir com precisão a identificação de cultivares. Para isso, primeiramente foi identificado que o genoma de referência da cultivar Cascade e o chamador de variantes bcf tools como os mais adequados para os dados deste trabalho. Em seguida, 5971 SNPs de alta qualidade foram utilizados para distinguir duas populações. Foram encontrados quatro marcadores SSR, mas a análise não confirmou a eficiência do seu uso para identificação de cultivares. Tanto para a análise de marcadores quanto para o estudo de diversidade está claro que existiram erros de identificação de cultivares de lúpulo no Brasil, entretanto, não foi possível seu uso para identificação das cultivares nesse estudo.