O presente estudo objetivou avaliar a microbiota da glândula mamária bovina por sequenciamento de alto rendimento de amostras de leite e seu potencial reflexo na saúde da glândula mamária. Para tal, o estudo foi dividido em três eixos: 1) avaliação das comunidades bacterianas totais e viáveis de amostras de leite assepticamente coletadas; 2) comunidades bacterianas viáveis presentes no leite coletado do canal do teto por método recomendado pelo National Mastitis Council, e por emprego de cânula, assim como diretamente da cisterna da glândula mamária e alvéolo mamário; e 3) impacto da oclusão do canal do teto no período pré-parto em vacas nulíparas sobre as comunidades bacterianas viáveis do leite, e seu reflexo sobre a saúde da glândula mamária no primeiro mês de lactação. No primeiro estudo, foi possível identificar redução de 32,23% no número de unidades taxonômicas operacionais (OTU) de comunidades bacterianas viáveis em relação a comunidades bacterianas totais, devido à redução na abundância e número de Corynebacterium-OTU, Rubrobacter-OTU, Pseudomonas-OTU e Wolbachia-OTU, apesar do aumento na abundância e do número de Bacillus-OTU. No segundo estudo, foi possível observar maior número de OTU com a coleta tradicional do que a realizada com emprego de cânula, diretamente da cisterna da glândula mamária, e diretamente da porção alveolar, embora menor abundância de Prevotella-OTU tenha sido observada na coleta tradicional em comparação com as demais. Finalmente, observou-se que as amostras de colostro oriundas de tetos considerados fechados resultaram em maior número de OTU, assim como maior número e abundância de Corynebacterium-OTU. As amostras de colostro que apresentaram resultados negativos no exame microbiológico tiveram maior abundância de Bacillus-OTU. Ademais, quartos mamários com baixa contagem de células somáticas foram associados à maior abundância de Prevotellla-OTU, enquanto maior número de Staphylococcus-OTU e Streptococcus-OTU foram associados à alta contagem de células somáticas. Portanto, o presente estudo demonstrou que a coleta tradicional total pode impactar os resultados da microbiota viável de amostras de leite, levando a interpretações equivocadas. Consequente, é fundamental que o método de coleta e o uso de monoazida de propídio sejam considerados nos estudos de comunidades bacterianas viáveis da glândula mamária. Finalmente, nossos achados apontaram que o microbioma presente no período pré-parto pode afetar a saúde da glândula mamária bovina, com potencial efeito benéfico de bactérias do gênero Prevotella.

The present study aimed to evaluate the microbiota of the bovine mammary gland using high-throughput sequencing analysis of milk samples and assess their potential impact on the udder health. Thus, the study was divided into three axes: 1) determine the total and viable bacterial communities of aseptically collected milk samples; 2) evaluate the viable bacterial communities present in the milk collected from the teat canal as recommended by the National Mastitis Council or using a cannula, as well as, directly from the mammary gland cistern and mammary alveolus; and 3) the impact of the teat end occlusion in the prepartum period in nulliparous cows on viable bacterial communities of milk, and its impact on the udder health in the first month of lactation. In the first study, it was possible to identify that there was a reduction of 32.23% in the number of operational taxonomic units (OTUs) of viable bacterial communities in relation to total bacterial communities, due to the reduction in the abundance and number of Corynebacterium-OTUs, Rubrobacter-OTUs, Pseudomonas-OTUs and Wolbachia-OTUs, despite an increase in abundance and the number of Bacillus-OTUs. In the second study, it is possible to observe a greater number of OTUs in milk samples originated from traditional collection than those collected using a cannula, directly from the mammary gland cistern, and directly from the alveolus, although a lower abundance of Prevotella-OTUs was observed in the traditional collection in compared to the others. Finally, it was observed that the colostrum samples from teat ends considered closed resulted in a greater number of OTUs, as well as a greater number and abundance of Corynebacterium-OTUs. Colostrum samples with bacteriological negative results in the microbiological examination had a greater abundance of Bacillus-OTUs. Furthermore, udder quarters with low somatic cell count were associated with a greater abundance of Prevotellla- OTUs, while a greater number of Staphylococcus-OTUs and Streptococcus-OTUs were associated with a high somatic cell count. Therefore, the present study demonstrated that the total traditional collection can profoundly impact the results of the viable microbiota of milk samples, leading to misinterpretations, and consequently, it is essential to consider the milk sampling collection method and the use of propidium monoazide in bovine mammary gland studies of viable bacterial communities. Finally, our findings pointed out that the microbiome of the pre-partum period can affect the udder health, with the potential beneficial effect of bacteria of the Prevotella bacteria genus.