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Master's Dissertation
DOI
https://doi.org/10.11606/D.10.2021.tde-11032022-144018
Document
Author
Full name
Wecksley Leonardo de Souza
E-mail
Institute/School/College
Knowledge Area
Date of Defense
Published
Pirassununga, 2021
Supervisor
Committee
Ventura, Ricardo Vieira (President)
Carvalheiro, Roberto
Espigolan, Rafael
Title in Portuguese
Diversidade haplotípica como ferramenta para acasalamento dirigido em gado de corte
Keywords in Portuguese
Amostragem mendeliana
Melhoramento animal
Variância gamética
Abstract in Portuguese
Os programas de melhoramento genético de bovinos têm experienciado grandes avanços com o advento da Seleção Genômica, devido principalmente à melhoria na acurácia dos valores genéticos estimados para os candidatos à seleção permitindo a escolha de animais em idade jovem favorecendo a diminuição do intervalo geracional. A disponibilidade crescente de dados de marcadores genéticos permite estimar a variância gamética dos indivíduos e essa pode contribuir com aumento nos ganhos genéticos na progênie futura. No presente trabalho buscamos estimar a variância gamética em dados que simulassem uma população de bovinos de corte utilizando a metodologia proposta por Santos et al. (2019). Utilizou-se o software QMSim para simular a população e os parâmetros foram estimados utilizando o software Gamevar.f90. Uma das limitações identificadas em estudos envolvendo tais cálculos aplicados à bovinos de corte é a falta de informações sobre a taxa de recombinação para tais populações. Assim, propomos uma abordagem para detecção dos eventos de recombinação nos indivíduos, baseada no uso de duplas de animais genotipados. Não houve diferenças no ranqueamentos dos touros quando à variância gamética. Identificamos um padrão de dispersão diferente entre os valores de variância gamética estimados para os cenários de eventos de recombinação utilizando o padrão aproximado por centiMorgans e os que utilizam frequência dos eventos identificados ou não. Essas diferenças de dispersão podem estar relacionadas à aproximação dos eventos de recombinação pelo mapa genético em centiMorgans ou pela medida de eventos pontuais verificados nos cenários QMSim_Reco e PyBioma_Reco. Mais estudos em diferentes cenários simulados e em populações reais são necessários.
Title in English
Haplotype diversity as a mating decision tool in beef cattle
Keywords in English
Animal breeding
Gametic variance
Mendelian sampling
Abstract in English
The cattle breeding programs have experienced great advances since the advent of Genomic Selection, mainly due to the improvement breeding values accuracies for selection candidates, allowing the choice of animals in earlier age of life, and consequently reducing the generational interval. The availability of increasing genotyping data allows estimating the gametic variance of individuals and this may contribute to an increase in genetic gains in future progeny. Here, we sought to estimate the gametic variance in simulated data that mimic a single trait of beef cattle population using the methodology proposed by Santos et al. (2019). The QMSim software was used to simulate the population and the gametic parameters were estimated using the Gamevar.f90 software. One of the limitations found was the lack of information on the recombination rate for beef cattle populations. Thus, we propose an approach for detecting individual recombination events using genotyped pairs (sire x progeny or dam x progeny). Our results did not show differences when ranking bulls regarding the gametic variance. We observe differences in gametic variance distribution pattern, when comparing Original_cM scenario with QMSim_Reco and PyBioma_Reco scenarios, that may be related to the approximation used in centiMorgans map to recombination rates. More studies in different simulated scenarios and in real populations, are needed.
 
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Publishing Date
2022-05-31
 
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