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Mémoire de Maîtrise
DOI
10.11606/D.10.2011.tde-24042012-151514
Document
Auteur
Nom complet
Sheila Oliveira de Souza Silva
Adresse Mail
Unité de l'USP
Domain de Connaissance
Date de Soutenance
Editeur
São Paulo, 2011
Directeur
Jury
Soares, Rodrigo Martins (Président)
Meireles, Marcelo Vasconcelos
Souza, Silvio Luis Pereira de
Titre en portugais
Padronização de uma reação em cadeia pela polimerase em nested (nested-PCR) para detecção e diferenciação das espécies de Cryptosporidium spp e caracterização molecular de Cryptosporidium isolados de roedores sinantrópicos
Mots-clés en portugais
Cryptosporidium
PCR
Roedores
Resumé en portugais
Cryptosporidium spp são protozoários cosmopolita que acometem peixes, répteis, anfíbios, aves e mamíferos. Mais de 20 espécies são reconhecidas dentro deste gênero. Os roedores, grupos de organismos abundantes e ubíquos, têm sido considerados reservatórios de Cryptosporidium para humanos e animais de produção. As seqüências codificadoras da menor unidade ribossômica (18S rRNA) de Cryptosporidium spp caracterizam-se por intercalações entre regiões conservadas e polimórficas ao longo dos seus 1700 pares de bases. O objetivo deste estudo foi desenhar primers específicos para o gene 18S rRNA, potencialmente capazes de amplificar qualquer espécie ou genótipo de Cryptosporidium spp. e avaliar os atributos diagnósticos da nested-PCR baseadas em tais sondas. O desenho dos primers foi realizado de forma a amplificar um segmento de menor dimensão possível para se maximizar a sensibilidade do ensaio molecular e preservando o potencial discriminatório das seqüências amplificadas. A nestedPCR padronizada neste estudo (nPCR-SH) foi comparada com outro ensaio similar que vem sendo largamente utilizado para detecção e identificação de Cryptosporidium spp. no mundo todo (nPCR-XIAO). Também se objetivou caracterizar molecularmente amostras de Cryptosporidum spp. isoladas de roedores sinantrópicos, empregando-se estas sondas e sondas moleculares direcionadas. Foram capturados 45 roedores em áreas públicas da região urbana da cidade de Umuarama, Paraná. As amostras foram submetidas a três provas moleculares, sendo duas direcionadas ao gene18S rRNA (nPCR-SH e nPCR-XIAO) e outra, ao gene codificador da actina. A nPCR-SH foi testada com as amostras de Cryptosporidum parvum, Cryptosporidum andersoni, Cryptosporidum meleagridis, Cryptosporidum hominis, Cryptosporidum canis, Cryptosporidum serpentis e todas foram positivas. Dezesseis amostras de roedores foram positivas para a nPCR-SH, seis pela nPCR-XIAO e cinco pela nPCR dirigida ao gene codificador da actina. O sequenciamento dos fragmentos amplificados possibilitou a identificação de Cryptosporidum muris em três amostras de Rattus rattus, e dois novos genótipos de Cryptosporidium, os genótipos rato II e III. Genótipo rato II foi encontrado em uma amostra de Mus musculus e o genótipo III em doze amostras, sendo cinco Rattus rattus e sete Mus musculus. Os resultados deste estudo demonstraram que os primers desenhados para detecção do Cryptosporidium spp em amostras de fezes foram mais eficientes em amplificar regiões que permitem a distinção entre as espécies do parasito do que aqueles usados na PCR-XIAO. Nas amostras estudadas não foram encontrados genótipos ou espécies de Cryptosporidium que podem ser transmitidos a outras espécies como os zoonóticos, o que sugere que a importância destes animais na transmissão zoonótica de criptosporidiose é pouco relevante.
Titre en anglais
Standardization of polymerase chain reaction in the nested (nested- PCR) for detection and differentiation of species of Cryptosporidium spp and molecular characterization of Cryptosporidium isolates from synanthropic rodents
Mots-clés en anglais
Cryptosporidium
PCR
Rodents
Resumé en anglais
Cryptosporidium spp are cosmopolitan protozoan that infect fish, reptiles, amphibians, birds and mammals. More than 20 species are recognized within this genus. Rodents are groups of abundant and ubiquitous organisms that have been considered reservoirs of Cryptosporidium for infection of humans and livestock. The coding sequences of the smallest unit ribosomal (18S rRNA) of Cryptosporidium spp are characterized by intercalations amongst polymorphic and conserved regions along its 1700 base pairs. The aim of this study was to design primers specific for the 18S rRNA gene, potentially capable of amplifying any species or genotype of Cryptosporidium spp., and evaluate the attributes of the nested-PCR diagnosis based on such probes. The design of primers was performed to amplify a smaller segment as possible to maximize the sensitivity of molecular testing and preserving the discriminatory potential of the sequences amplified. The nested-PCR standardized in this study (nPCR-SH) was compared with another similar assay that has been widely used for detection and identification of Cryptosporidium spp. worldwide (nPCR-XIAO). It also aimed to characterize molecularly Cryptosporidum spp. isolated from synanthropic rodents, using these probes and targeted molecular probes. Forty five rodents were captured in public areas of the urban area of Umuarama, Paraná. The samples were subjected to three molecular tests, two targeted to gene18S rRNA (nPCR-SH and nPCR-XIAO) and another targeted to the gene encoding actin. The nPCR-SH was tested with strains of Cryptosporidum parvum, Cryptosporidum andersoni, Cryptosporidum meleagridis, Cryptosporidum hominis Cryptosporidum canis, Cryptosporidum serpentis and all were positive. Sixteen samples of rodents were positive by nPCR-SH, six by nPCR-XIAO and five by nPCR targeted to the gene encoding actin. The sequencing of the amplified fragments allowed the identification of Cryptosporidum Muris in three samples of Rattus rattus, and two new genotypes of Cryptosporidium rat genotype II and III. It was found rat genotype II in a sample of Mus musculus and genotype III in twelve samples, five from Rattus rattus and seven from Mus Musculus.The results showed that the primers designed for detection of Cryptosporidium spp in fecal samples were more efficient in amplifying regions that allow the distinction amongst the parasite species than those used in the PCR-XIAO. Cryptosporidium species or genotypes transmitted to other species such as zoonotic were not found in the studied samples, which suggest that the importance of these animals in the zoonotic transmission of cryptosporidiosis is very limited.
 
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Date de Publication
2013-06-24
 
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