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Disertación de Maestría
DOI
https://doi.org/10.11606/D.10.2020.tde-18122019-113323
Documento
Autor
Nombre completo
Julia Rosas Hochheim
Dirección Electrónica
Instituto/Escuela/Facultad
Área de Conocimiento
Fecha de Defensa
Publicación
São Paulo, 2019
Director
Tribunal
Gregori, Fabio (Presidente)
Asano, Karen Miyuki
Okuda, Liria Hiromi
Título en portugués
Ocorrência e caracterização molecular de calicivírus suínos
Palabras clave en portugués
Calicivírus
Norovírus
RT-PCR
Sapovírus
Suíno
Resumen en portugués
Infecções do trato gastrointestinal são frequentes em criações de suínos, gerando impacto negativo na produção devido aos problemas que causam, tais como a diminuição do consumo de alimento, redução do ganho de peso e elevada mortalidade. Pertencentes à família Caliciviridae, os gêneros Norovírus e Sapovírus são indicados como agentes etiológicos responsáveis por causar gastroenterites em espécies animais e em humanos, além do potencial zoonótico. Entretanto, relativamente pouco se sabe sobre a participação dos Calicivírus nas diarreias que ocorrem na suinocultura brasileira. Para auxiliar na elucidação deste tema, uma revisão sistemática com meta-análise foi desenvolvida neste trabalho. Como resultados desta revisão sistemática para Norovírus, tem-se que: (1) os genotipos GII- 18, GII-11 e o GII-4 são os mais comumente encontrados em suínos no mundo (apesar de também haver relatos de GII-1, GII-2, GII-3, GII-13, GII-19, GII-21 e GII- 23), que (2) não há correlação estatística entre a ocorrência do Norovírus em suínos com a ocorrência de diarreia e que (3) a idade adulta (acima de 70 dias) é a única que apresenta uma correlação com a ocorrência do vírus. Como resultados da revisão sistemática para Sapovírus, tem-se que (1) o genogrupo mais comum no mundo é o GIII (ainda que se tenha relato dos genogrupos GV, GVI, GVII, GVIII, GIX, GX e GXI), que (2) há correlação estatística entre a ocorrência do Sapovírus em suínos com a ocorrência de diarreia e que (3) as três faixas etárias avaliadas (maternidade, creche e adultos) apresentam correlação com a ocorrência do Sapovírus. O objetivo deste trabalho foi pesquisar a ocorrência de Norovírus e Sapovírus a partir de amostras fecais de suínos provenientes de diversas criações comerciais, utilizando-se a técnica de RT-PCR, tendo como alvo uma região do gene RpRd (para ambos os vírus) e do capsídeo (para Norovírus), seguido da determinação das respectivas sequências nucleotídicas e realização de inferências filogenéticas das mesmas. Das 166 amostras analisadas, houve a detecção do Sapovírus em 6 amostras fecais de suínos (com idade de até 70 dias de vida) criados nos estados de São Paulo e Minas Gerais, todas confirmadas pelo sequenciamento do gene RdRp. Quatro dessas amostras agruparam-se com as amostras suínas de Sapovírus do genogrupo GX ao se realizar a inferência filogenética. A confirmação do genogrupo através do gene VP1 não foi possível. Nenhuma amostra apresentou-se positiva para Norovírus.
Título en inglés
Occurrence and molecular characterization of porcine calicivirus
Palabras clave en inglés
Calicivirus
Norovirus
RT-PCR
Sapovirus
Swine
Resumen en inglés
Infections of the gastrointestinal tract are frequent in pig farms, resulting in a negative impact on production due to the problems they cause, such as decreased feed intake, reduced weight gain and high mortality. Belonging to the Caliciviridae family, the genera Norovirus and Sapovirus are indicated as etiological agents responsible to cause gastroenteritis in animals and humans, besides the zoonotic potential. However, relatively little is known about the participation of Caliciviruses in diarrhea that occurs in Brazilian pig farming. To assist in the elucidation of this subject, a systematic review and meta-analysis were performed in this paper. The results of this systematic review for Norovirus were that (1) the genotypes that are most commonly found in pigs in the world are GII-18, GII-11 and GII-4 (although there are also reports of GII-1, GII-2, GII- 3, GII-13, GII-19, GII-21 and GII-23), that (2 )there is no statistical correlation between the occurrence of Norovirus in swine with the presence of diarrhea and that (3) adults (over 70 days old) is the only age group that correlates with the occurrence of the virus. The results of the systematic review for Sapovirus show that (1) the most common genogroup in the world is GIII (although GV, GVI, GVII, GVIII, GIX, GX and GXI have been reported), that (2) there is a statistical correlation between the occurrence of Sapovirus in swine and the occurrence of diarrhea and (3) the three age groups evaluated (farrowing, nursery and adults) are correlated with the occurrence of Sapovirus. This project aims to investigate the occurrence of Norovirus and Sapovirus from swine fecal samples from several commercial farms, using RT-PCR, targeting a region of the RpRd gene (for both viruses) and of the capsid (for Norovirus), followed by the determination of the respective nucleotide sequences and phylogenetic analysis. Of the 166 samples analyzed, Sapovirus was detected in 6 fecal samples from pigs (aged up to 70 days) created in the states of São Paulo and Minas Gerais, all confirmed by sequencing of the RdRp. After phylogenetic inference, four of these samples clustered with the Sapovirus swine samples of the GX strain. Confirmation of genogroup through the VP1 gene was not possible. Norovirus strains were not detected.
 
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Fecha de Publicación
2020-04-13
 
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