O filo Arthropoda compreende aproximadamente 85% das espécies animais já descritas. Dentro deste filo a classe Arachnida inclui invertebrados de grande importância, devido à transmissão de doenças e aos acidentes por envenenamento. Aranhas do gênero Phoneutria sp., popularmente conhecidas como aranha- amadeira, são aracnídeos de interesse médico pertencentes à família Ctenidae. Exemplares destas aranhas são recebidos, quarentenados e mantidos em cativeiro no Biotério de Artrópodes do Instituto Butantan, São Paulo, Brasil, com o objetivo de extrair o seu veneno para posterior produção do soro antiaracnídico. Foram analisadas em microscopia ótica, amostras de fezes de 509 Phoneutria nigriventer, destas, 131 (25,73%) apresentaram infecção por protozoários. As amostras positivas ao exame parasitológico foram submetidas a extração de DNA e reações de amplificação (PCR), resultando em 80 amplificadas, purificadas e sequenciadas. 17 sequências foram obtidas e analisadas por BLAST. Cinco amostras foram identificadas como Colpoda steinii, uma como Colpoda aspera, uma apenas pelo gênero Colpoda sp. e uma identificada como “organismo ciliado”. Quatro amostras foram identificadas como Parabodo caudatus, duas como Urostipulosphaera sp., uma como Helkesimastix sp. e uma como um protozoário euglenóide. Uma amostra sequenciada foi identificada como uma alga pertencente ao gênero Laurencia sp. A presença de sinais clínicos e outros eventos foram observados em 17 aranhas, e então associados ao resultado do sequenciamento.

The phylum Arthropoda comprises approximately 85% of the described animal species. Within this phylum, the class Arachnida comprises some invertebrates of great importance, due to the transmission of diseases and to the risk of human envenomation. Spiders belonging to the genus Phoneutria sp., popularly known as armed-spiders, are arachnids of medical importance of the Ctenidae family. These animals are received, quarantined and maintained in captivity at the Biotério de Artrópodes of the Instituto Butantan, São Paulo, Brazil, with the aim to extract its venom for the production of the anti-arachnid serum. 509 Phoneutria nigriventer feaces samples were analyzed in optical microscopy, being 131 (25.73%) positive for protozoan. The positive samples were subjected to DNA extraction and amplification reactions (PCR), where 80 samples were amplified, purified and sequenced. 17 sequences were obtained and analyzed by BLAST. Five sequences were identified as Colpoda steiini, one as Colpoda aspera, one belonging to the genus Colpoda sp. and one as “ciliated organismo”. Four sequences were identified as Parabodo caudatus, two as Urostipulosphaera sp., one as Helkesimastix sp. and one as a Euglena-like protozoan. One sequenced sample was identified as an algae belonging to the genus Laurencia sp. The presence of clinical signs and other events was observed in 17 spiders, and then associated with the sequencing results.