Doenças infecciosas emergentes se caracterizam como enfermidades cujos patógenos evoluíram para uma nova cepa ou genótipo capaz de infectar tanto o mesmo hospedeiro quanto uma nova espécie. A ocorrência de doenças emergentes tem sido correlacionada à destruição de habitats e à perda de biodiversidade. As aves marinhas têm sido consideradas bons indicadores e sentinelas do ecossistema aquático, e uma ampla variedade de enfermidades virais têm sido investigadas e descritas em aves no mundo todo. A caracterização e o entendimento das enfermidades virais que acometem as aves marinhas que habitam a costa brasileira são de fundamental importância para a compreensão de possíveis surtos de mortalidade dentre outros fatores que interferem na conservação das aves em geral. O objetivo desta pesquisa foi investigar a ocorrência de herpesvírus, avipoxvírus e coronavírus nas espécies de aves marinhas que foram reabilitadas em três centros localizados ao longo da costa brasileira e nas colônias reprodutivas de Sula sp. e Phaeton sp. localizadas no arquipélago de Abrolhos, Bahia, Brasil, e em quatro colônias de Spheniscus magellanicus localizadas na Patagônia argentina. As análises virais foram realizadas pela técnica de PCR e RT-PCR e confirmadas pela reação de sequenciamento do amplicon identificado. Nos casos de óbito, as alterações histopatológicas foram identificadas por meio de análise microscópica. O estudo revelou a ocorrência dos três agentes virais identificados em centros de reabilitação no Brasil, além da ocorrência de herpesvírus nas populações de vida livre e ativas em seus sítios reprodutivos. Foram identificados quatro novos herpesvírus denominados: Magellanic penguin herpesvirus 1 (MagHV -1) causador de um surto de mortalidade associado a traqueíte necrótico-hemorrágica em pinguins de Magalhães em reabilitação; Magellanic penguin herpesvirus 2 (MagHV-2), identificado em pinguins de Magalhães aparentemente saudáveis nas colônias reprodutivas da Patagônia argentina; Sulid herpesvirus 1 (SuHV -1), identificado em atobás (Sula sp.) e grazinas (Phaeton sp.) nas colônias reprodutivas de Abrolhos e Thalassarchid herpesvirus 1 (ThHV -1), identificados em um albatroz de nariz amarelo (Thalassarche chlororhynchos) nas praias de Rio Grande, RS, Brasil. Também foram identificados: um novo avipox, denominado Brazilian penguinpox, causador de lesões cutâneas, esofágicas e respiratórias nos pinguins de Magalhães cutâneas, esofágicas e respiratórias nos pinguins de Magalhães em reabilitação em Santa Catarina e a identificação de dois Gammacoronavirus em três diferentes espécies assintomáticas que estavam em reabilitação em Santa Catarina e no Rio Grande do Sul. Os dados obtidos constituem uma base de informação útil para estudos futuros no campo da patologia, virologia, epidemiologia e dos impactos antrópicos na saúde das aves marinhas do cone sul.

Emerging infectious diseases are characterized as disease whose pathogens progressed to a new strain ar genotype capable of infecting the same host or a new species. The occurrence of emerging diseases has been correlated to the destruction of habitats and loss of biodiversity. Seabirds have been considered as good indicators and sentinels of aquatic ecosystem, and a wide variety of viral diseases have been investigated and described in birds worldwide. The characterization and understanding of viral diseases that affect seabirds that inhabit the Brazilian coast are of fundamental importance for the understanding of possible mortality outbreaks among other factors that influence the conservation of birds in general. The objective of this research was to investigate the occurrence of herpesvirus, coronavirus and avipoxvirus in seabird species that were rehabilitated in three centres located along the Brazilian coast and in breeding colonies of Sula sp. and Phaeton sp. located at the Abrolhos’s archipelago, Bahia, Brazil and four Spheniscus magellanicus's colonies located at Argentina's Patagonia. Viral analyzes were performed by PCR and RT-PCR and confirmed by sequencing the identified amplicon. In cases of death, the histopathological alterations were identified through optical microscopic analysis. The study revealed the occurrence of the three investigated viral agents in the Brazilian rehabilitation centres, besides the occurrence of herpesvirus in the freeliving and reproductive active seabird’s populations. Four new herpesvirus were identified and called: Magellanic penguin herpesvirus 1 (MagHV -I), causing a mortality outbreak associated with necrotic-hemorrhagic tracheitis in Magellanic penguins in rehabilitation process; Magellanic penguin herpesvirus 2 (MagHV-2), identified in apparently healthy breeding Magellanic penguins at the Argentinean Patagonia’s colonies; Sulid herpesvirus 1 (SuHV-l), identified in boobies (Sula sp.) and tropicalseabirds (Phaeton sp.) breeding colonies at Abrolhos Archipelago, and Thalassarchid herpesvirus 1 (ThHV -1), identified in a yellow nose albatross (Thalassarche chlororhynchos) that appeared on the beaches of Rio Grande, RS, Brazil. Were. also identified: a new avipox named Brazilian penguinpox causing cutaneous, esophagus and respiratory lesions in rehabilitation penguins at Santa Catarina and the identification of two Santa Catarina and the identification of two Gammacoronavirus in three different asymptomatic seabirds species that were undergoing rehabilitation in Santa Catarina and Rio Grande do Sul. The data provi de a useful information basis for further studies related to pathology, virology, epidemiology and human impacts on southern hemispheres seabirds’ health.