A constante perda da diversidade biológica frente às pressões antrópicas tem concentrado atenções sobre a necessidade de se conhecer a diversidade genética das espécies que ainda restam como um primeiro passo para o desenvolvimento de estratégias de manejo. Técnicas de genética molecular fornecem uma estimativa do número de formas distintas numa área, bem como medidas de quão diferentes elas são. Dentre estas técnicas, o sequenciamento de DNA mitocondrial e nuclear, aliado à análise de seqüências microssatélite, geram informações potencialmente capazes de evidenciar a variação contida entre indivíduos, sendo uma ferramenta excelente para ser utilizada em análise filogenética, diferenciação interespecífica e intraespecífica. Neste trabalho utilizamos 1670pb de uma região do DNA mitocondrial incluindo o citocromo b e uma parte da região controle e 630pb do gene nuclear c-mos Para analisar a relação filogenética entre as espécies de crocodilianos brasileiros. Marcadores produzidos por PCR-RFLP baseados em seqüência do gene citocromo b no DNA mitocondrial foram desenvolvidos para a identificação molecular das seis espécies brasileiras de crocodilianos. Esta técnica além de importante na identificação das espécies poderá ser utilizada como metodologia oficial de controle da comercialização e exportação de carne e couro de jacaré. O Caiman latirostris apresenta a mais extensa distribuição geográfica entre todos os crocodilianos. No presente trabalho utilizamos marcadores microssatélites para testar a hipótese da variação genética ser relacionada com distância geográfica, em pequena e grande escala, e se a variabilidade genética das espécies esta correlacionada com diferentes sub-biomas no litoral e interior. Não foi possível a transferência de marcadores microssatélites para a espécie Paleosuchus trigonatus, sendo assim novos marcadores genéticos foram caracterizados para espécie pela construção de bibliotecas enriquecidas de DNA microssatélite.

Constant loss of biological diversity due to antropic pressure has concentrated attention upon the need to know the genetic diversity of remaining species as the first step in developing management strategies. Molecular techniques provide an estimate of the number of distinct forms, as well as measurements of the extent of their differences. Among these techniques, mitochondrial and nuclear DNA sequencing along with microsatellite sequences provide information that is potentially capable of detecting any variation between individuals, which makes it an excellent tool for phylogenetic analyses, as well as inter and intraspecific differentiation. In the present work, we used a 1670bp region of mitochondrial DNA including cytochrome b and a 630bp portion of the nuclear gene c-mos to analyze the phylogenetic relationship among Brazilian crocodilian species. PCR-RFLP markers based on cytochrome b mitochondrial DNA were developed for the molecular identification of six Brazilian crocodilian species. This technique is not only important for the identification of species, but it is also useful as an official methodology for controlling commercialization and exportation of crocodilian meat and leather. Broad-snouted caimans (Caiman latirostris) geographic distribution comprises one of the widest latitudinal ranges among all crocodilians. In the present study, we used microsatellite markers to test the hypothesis that genetic variation is related to geographic distance, on a small and large scale, and if the genetic variability of a species is correlated to coastal and inland subbiomes. It was not possible to transfer microsatellite markers to Paleosuchus trigonatus, so new genetic markers were characterized for the species by constructing a microsatellite enriched DNA library.