In the last years, microbial ecologists have dramatically increased their efforts to elucidate the "black box" of patterns and processes that modulate the diversity and functionality of soil microorganisms, examining their genetic diversity (e.g. through metagenomic) and measuring their functional characteristics. The aim of this thesis was to evaluate the interaction of the ecological processes of dispersion, diversification, selection and genetic drift on (1) the soil microbial communities, after conversion of forest to grassland or no-till cropping in long-term and (2) on the microbial communities in the rhizosphere of soybean in long-term no-till system. The cultivation of grassland in long-term led to a homogenizing selection of microbial communities, reducing beta-diversity, with consequent changes in the soil functions related to stress. No-till long-term led to minor changes of diversity, maintaining the functions found in the forest. The soybean plant has shown homogenizing power selection, and this increased with time. However, the functions selected in the rhizosphere were maintained, indicating functional resilience.

Nos últimos anos, ecologistas microbianos aumentaram drasticamente seus esforços para elucidar a "caixa preta" dos padrões e processos que modulam a diversidade e funcionalidade dos microrganismos do solo, examinando sua diversidade genética (e.g. através de metagenômica) e medindo suas características funcionais. O objetivo dessa tese foi avaliar a interação dos processos ecológicos de dispersão, diversificação, seleção e deriva gênica, sobre (1) as comunidades microbianas do solo, após a conversão da floresta em pastagem ou plantio direto, em longo período e (2) sobre as comunidades microbianas da rizosfera de soja, em sistema de plantio direto, em longo período. O cultivo de pastagens em longo período levou a uma seleção homogeneizante das comunidades microbianas, reduzindo a beta-diversidade, com conseguinte alteração em funções no solo relacionadas ao estresse. O plantio direto em longo período levou a uma menor alteração da diversidade, com manutenção das funções encontradas na floresta. A planta de soja demonstrou poder de seleção homogeneizante, e este aumentou com o tempo. Contudo, as funções selecionadas na rizosfera foram mantidas, indicando resiliência funcional.