A produção de banana no Vale do Ribeira, em São Paulo, está inserida numa região que abriga um fragmento remanescente da Mata Atlântica, considerada um dos principais repositórios de biodiversidade e a floresta mais devastada entre os biomas brasileiros. Medidas sustentáveis, como a adoção de práticas agrícolas alternativas, tem sido o caminho para a conservação da fauna e flora, como também para a redução do uso inapropriado de terras que consequentemente pode aumentar o índice de doenças que atacam as plantas. Apesar, do razoável conhecimento científico sobre a fisiologia pós-colheita da banana, ainda não foram elucidadas quais são as respostas fisiológicas do fruto diante das alterações do meio ambiente decorrentes das práticas agroecológicas. Principalmente quais são os mecanismos de ação de compostos específicos, relacionados com a resistência da planta contra os estresses bióticos e abióticos. Também, não há uma abordagem analítica integrada que identifique os reguladores das vias metabólicas e possibilite um estudo holístico a nível molecular. Neste trabalho, foi avaliado o efeito da proximidade da biodiversidade nativa da Mata Atlântica sobre o perfil de metabólitos da banana (Musa acuminata AAA, Cavendish, cv. Nanicão). Foram comparados os frutos da parcela Biodiversidade, o qual apresenta 60% de seu perímetro limítrofe à floresta com a parcela Controle, inserida em uma área de produção de banana convencional. Neste estudo, foram determinados os perfis de etileno, vida verde, amido, açúcares, textura, cor, metabólitos semi-voláteis e não-voláteis e poliaminas. Como resultado, ambas as parcelas avaliadas apresentaram diferenças significativas no metabolismo primário e secundário, nos frutos verdes e maduros, respectivamente. Os metabólitos com diferença significativa entre as parcelas experimentais apresentaram maior envolvimento no metabolismo primário, sobretudo na via de biossíntese de aminoácidos, compostos precursores de uma ampla faixa de metabólitos secundários. As alterações quanto à abundância destes compostos são uma referência de que as mudanças do meio modificam as respostas da planta a estresses e estímulos.