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Tese de Doutorado
DOI
10.11606/T.87.2009.tde-28042009-115618
Documento
Autor
Nome completo
Douglas Silva Domingues
Unidade da USP
Área do Conhecimento
Data de Defesa
Imprenta
São Paulo, 2009
Orientador
Banca examinadora
Sluys, Marie Anne van (Presidente)
Grandbastien, Marie Angele
Vieira, Maria Lucia Carneiro
Vincentz, Michel Georges Albert
Vitorello, Claudia Barros Monteiro
Título em português
SURE e Garapa: caracterização molecular e distribuição de dois retrotransposons com LTR em cana-de-açúcar.
Palavras-chave em português
Cana-de-açúcar
Genética molecular vegetal
Genomas
Polimorfismo
Transcrição gênica
Resumo em português
O objetivo deste trabalho foi caracterizar uma nova família de retrotransposons Copia em cana-de-açúcar, e também compreender a diversidade de retrotransposons com LTR transcricionalmente ativos em cana, com base na análise filogenética de cDNAs provenientes do projeto SUCEST. Foi assim isolada uma nova família de retrotransposons de cana, denominada SURE (SUgarcane REtrotransposon). O genoma da cana apresentou grande colinearidade com os genomas de sorgo e arroz em segmentos contendo SURE. Foram também classificados filogeneticamente cDNAs e seqüências completas de retrotransposons com LTR de cana-de-açúcar. A maioria das linhagens evolutivas descritas apresenta ao menos um representante em cana. O grupo de retrotransposons com LTR mais representado no transcriptoma de cana foi reunido como um novo membro da superfamília Copia Garapa. Trata-se de um elemento com mais cópias e maior variabiliadade que SURE. Dessa forma, SURE e Garapa apresentam-se como duas linhagens de retrotransposons que apresentam padrões distintos de amplificação no genoma de cana.
Título em inglês
SURE and Garapa: molecular characterization and distribution of two LTR retrotransposons in sugarcane.
Palavras-chave em inglês
Genic transcription
Genomes
Plant molecular genetics
Polymorphism
Sugarcane
Resumo em inglês
The aim of this work was to characterize a sugarcane element belonging to a new Copia retrotransposon-family in sugarcane and also study the diversity of transcriptional active LTR-retrotransposons in sugarcane, based in a phylogenetic analysis of cDNAs from SUCEST. The new retrotransposon family identified in sugarcane was named SURE (Sugarcane REtrotransposon). BAC clones bearing one copy of SURE showed that sugarcane genome have a high sinteny with sorghum and rice genomes in coding regions. Other sugarcane sequences containing LTR-retroelements were characterized and compared to pre existent in the plant kingdom. Most of these lineages had at least one sugarcane element. The most representative group of these sequences was reunited as a new group of Copia superfamily in sugarcane and named Garapa. It comprises elements highly distributed in sugarcane chromosomes and with a higher variability when compared to SURE. Finally, SURE and Garapa represent two distinct lineages of Copia retrotransposons that had different amplification pattern in the sugarcane genome.
 
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Data de Publicação
2009-05-05
 
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