• JoomlaWorks Simple Image Rotator
  • JoomlaWorks Simple Image Rotator
  • JoomlaWorks Simple Image Rotator
  • JoomlaWorks Simple Image Rotator
  • JoomlaWorks Simple Image Rotator
  • JoomlaWorks Simple Image Rotator
  • JoomlaWorks Simple Image Rotator
  • JoomlaWorks Simple Image Rotator
  • JoomlaWorks Simple Image Rotator
  • JoomlaWorks Simple Image Rotator
 
  Bookmark and Share
 
 
Dissertação de Mestrado
DOI
10.11606/D.76.2011.tde-19102011-141742
Documento
Autor
Nome completo
Victor Emanoel Armini Caldas
E-mail
Unidade da USP
Área do Conhecimento
Data de Defesa
Imprenta
São Carlos, 2011
Orientador
Banca examinadora
Thiemann, Otavio Henrique (Presidente)
Rosi, Pablo Eduardo
Silva, Carlos Henrique Tomich de Paula da
Título em português
Adenina fosforibosiltransferase de Schistosoma mansoni: proposta de detalhamento do mecanismo catalítico por dinâmica molecular
Palavras-chave em português
Schistosoma mansoni
Adenina fosforibosiltransferase
APRT
Resumo em português
A Adenina Fosforibosiltransferase (APRT E.C. 2.4.2.7) pertence à família de enzimas Fosforibosil Transferases (PRTase) do Tipo I , que catalisa a conversão reversível de Adenina e 5-fosfo-α-D-ribose-1-difosfato (PRPP) em difosfato e adenosina monofosfato, um importante precursor energético da célula. A APRT integra a via de salvação de purinas, única forma de suprir o balanço de purinas em Schistosoma mansoni. Este trabalho apresenta o isolamento, clonagem, expressão heteróloga e purificação da APRT de S. mansoni a fim de caracterizá-la quanto seus parâmetros físico-químicos. Não se obtendo cristais de proteína, foram elaborados modelos tridimensionais por homologia para estudos de dinâmica molecular e avaliação conformacional via tCONCOORD. A estrutura de APRT humana foi usada como controle nas simulações. Os dados computacionais e de biologia molecular foram comparados entre si para validação mútua e, verificou-se que a análise cuidadosa de dados computacionais é capaz de fornecer informações críticas sobre a APRT, auxiliando e guiando os estudos experimentais. Ainda, as simulações de dinâmica molecular foram capazes de evidenciar a abertura de loops do sítio ativo, explicitar a importância da análise de rotâmeros em modelos, permitindo, então, rearranjar da forma correta resíduos erroneamente modelados. Por fim, um estudo envolvendo mecanismo catalítico sugere a participação de uma molécula de água abstraindo o próton ligado ao N9 da adenina e, para efeito de comparação, um mecanismo alternativo independente desta participação também foi descrito. Ambas as observações expandem a corrente visão sobre o mecanismo catalítico de APRTs.
Título em inglês
Adenine phosphoribosyltransferase from Schistosoma mansoni: insights into the catalytic mechanism via molecular dynamics
Palavras-chave em inglês
Schistosoma mansoni
Adenine phosphoribosyltransferase
APRT
Resumo em inglês
The Adenine Phoshoribosyltransferase (APRT E.C.2.4.2.7) belongs to the Phosphoribosyltransferase enzyme family (PRTase) of type I which catalyzes the reversible conversion of adenine and 5-phospho-α-D-ribose-1-diphosphate (PRPP) in diphosphate and adenosine monophosphate, an important source of this compound for the cell. APRT is involved in the purine salvage pathway, the only way that Schistosoma mansoni has to supply its purine demands. This work shows the isolation, cloning, heterologous expression and the purification of APRT from S. mansoni in order to establish its physical chemical and kinetics parameters. Since crystallographic structure was not obtained, we built homology models to perform molecular dynamics experiments and conformational evaluation via tCONCOORD. The human APRT structure was used as control in the simulation experiments. The computational and molecular biology data were compared for consistency and the detailed analysis of the former allowed us to improve experimental manipulation of APRT. The molecular dynamics experiments showed the opening of the loops of the catalytic binding site and the key function of rotamers. Finally, we were able to suggest that a water molecule may catch the proton of adenine N9. Both observations improve the current view of APRT catalytic mechanism.
 
AVISO - A consulta a este documento fica condicionada na aceitação das seguintes condições de uso:
Este trabalho é somente para uso privado de atividades de pesquisa e ensino. Não é autorizada sua reprodução para quaisquer fins lucrativos. Esta reserva de direitos abrange a todos os dados do documento bem como seu conteúdo. Na utilização ou citação de partes do documento é obrigatório mencionar nome da pessoa autora do trabalho.
Data de Publicação
2011-10-21
 
AVISO: O material descrito abaixo refere-se a trabalhos decorrentes desta tese ou dissertação. O conteúdo desses trabalhos é de inteira responsabilidade do autor da tese ou dissertação.
  • Serrão, Vitor Hugo Balasco, et al. Promiscuous interactions of human septins: The GTP binding domain of SEPT7 forms filaments within the crystal [doi:10.1016/j.febslet.2011.10.043]. FEBS Letters [online], 2011, vol. 585, p. 3868-3873.
  • SILVA, M. T. A., et al. Selenocysteine biosynthesis and insertion machinery in Naegleria gruberi [doi:10.1016/j.molbiopara.2013.04.002]. Molecular and Biochemical Parasitology [online], 2013, vol. 188, p. 87-90.
  • CALDAS, V., et al. Selenocysteine incorporation machinery in naegleria gruberi. In XXVI Annual Meeting of the Brazilia Society of Protozoology and XXXVII Annual Meeting on Basic Research in Chagas' Disease, Foz do Iguaçu, 2010. XXVI Annual Meeting of the Brazilia Society of Protozoology and XXXVII Annual Meeting on Basic Research in Chagas' Disease., 2010. Resumo.
  • CALDAS, V., ALESSANDRO, F, and THIEMANN, O H. Study of microbial diversity of brazilian savanna conserved regions and a eucalyptus culture. In XXXVII Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Bioquímica e Biologia Molecular - SBBq, Águas de Lindóia, 2008. Program and Index., 2008. Resumo.
Todos os direitos da tese/dissertação são de seus autores
Centro de Informática de São Carlos
Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP. Copyright © 2001-2014. Todos os direitos reservados.