O monitoramento da endogamia é fundamental para o estabelecimento de um programa de melhoramento animal. Os coeficientes de endogamia foram estimados a partir de segmentos de homozigose (F_ROH), matriz de parentesco genômico com frequências alélicas derivadas dos dados (F_GRM), frequências alélicas ajustadas a 0,5 (F_GRM05), excesso de homozigose (F_HOM) e informação de pedigree (F_PED) em bovinos Nelore e ovelhas Santa Inês. Os dados genotípicos para a população Nelore foram obtidos de 2.569 animais utilizando um painel de 725,293 polimorfismos de nucleotídeo único e um pedigree composto por 15.846 indivíduos. Para a população de ovinos Santa Inês, 576 animais foram genotipados para 47.033 polimorfismos de nucleotídeo único, juntamente com dados de pedigree de 32.266 indivíduos. Picos notáveis nos cromossomos 7, 12 e 21 dos bovinos e no cromossomo 16 das ovelhas, representavam ilhas de ROH (> 47%), destacando regiões possivelmente afetadas pela pressão seletiva. Os valores médios para F_PED, F_ROH, F_GRM e F_GRM05 foram 0,005, 0,058, -0,007 e 0,40, respectivamente no caso do Nelore, enquanto valores medias de 0,32, 0,049, 0,015, 0,287 e 0,015 para F_PED, F_ROH, F_GRM, F_GRM05 e F_HOM, respectivamente no caso das ovelhas. Esses coeficientes de endogamia foram associados negativamente com peso ao nascer, peso à desmama, ganho de peso pós-desmame, escore de muscularidade, precocidade, conformação e circunferência escrotal em bovinos Nelore e para todas as características analisadas em Santa Inês. Também foi encontrada uma correlação negativa entre depressão endogâmica e estimativas de variâncias genômicas de dominância variando de -0,35 a -0,98 para Nelore e -0,89 a -0,91 para ovinos Santa Inês. Nós afirmamos que as descobertas relatadas podem ser usadas para manter a diversidade genética em bovinos Nelore e ovelhas Santa Inês sob uma perspectiva genômica.

Monitoring inbreeding is critical for establishing a sustainable breeding program. Inbreeding coefficients were estimated from runs of homozygosity (F_ROH), genomic relationship matrices coupled with allele frequencies derived from data (F_GRM), allele frequencies set to 0.5 (F_GRM05), excess of homozygosity (F_HOM), and pedigree information (F_PED) from Nellore cattle and Santa Ines populations. Genotypic data for the Nellore population were obtained from 2,803 animals using a panel of 725, 293 single-nucleotide polymorphisms and a pedigree consisting of 15,846 individuals. For the Santa Ines sheep population 576 animals were genotyped for 47,033 single-nucleotide polymorphisms along with pedigree data of 32,266 individuals. In cattle noticeable peaks on chromosome 7, 12, and 21, and in sheep on chromosome 16, represented hotspots of autozygosity (> 47%), highlighting putative regions affected by selective pressure. The mean values for F_PED, F_ROH, F_GRM, and F_GRM05 were 0.005, 0.058, -0.007, and 0.40, respectively for Nellore, while for Santa Ines were 0.32, 0.049, 0.015, 0.287 and 0.015 for F_PED, F_ROH, F_GRM, F_GRM05 and F_HOM, respectively. These inbreeding coefficients were negatively associated with birth weight, weaning weight, post-weaning weight gain, muscularity score, finishing score, conformation score, and scrotal circumference on Nellore and for all traits analyzed on Santa Ines. Also, a negative correlation was found between inbreeding depression and estimates of dominance genomic variances ranging from -0.35 to -0.98 for Nellore and -0.89 to -0.91 for Santa Ines sheep. We contend that the findings reported here can be used to maintain genetic diversity in Nellore cattle and Santa Ines sheep from a genomic perspective.