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Doctoral Thesis
DOI
10.11606/T.64.2012.tde-17012013-145322
Document
Author
Full name
Armando Cavalcante Franco Dias
E-mail
Institute/School/College
Knowledge Area
Date of Defense
Published
Piracicaba, 2012
Supervisor
Committee
Azevedo, João Lucio de (President)
Taketani, Rodrigo Gouvêa
Mui, Tsai Siu
Oliveira, Valéria Maia de
Pellizari, Vivian Helena
Title in Portuguese
Diversidade de arquéias e bactérias envolvidas na ciclagem do nitrogênio em sedimentos de manguezais
Keywords in Portuguese
Ecologia microbiana
PCR-DGGE
Pirosequenciamento
qPCR
Abstract in Portuguese
O manguezal é um ecossistema costeiro, localizado em regiões de interface entre os ambientes terrestre e marinho, de ocorrência exclusiva em zonas tropicais e subtropicais. Esta localização confere ao sedimento deste ambiente características únicas, como alta salinidade e baixa disponibilidade de oxigênio, associado a grande riqueza em matéria orgânica. O resultado destas condições é a ocorrência de uma restrita diversidade de plantas em tais ambientes, associada a uma grande diversidade de animais, que usam o manguezal para sua proteção e reprodução. O presente estudo mostrou como as comunidades de arquéias (amoA e 16S DNAr) e bactérias (nifH e 16S DNAr) estão estruturadas em sedimentos de manguezais sob distintos estados de preservação. Os perfis de DGGE indicaram alterações na composição das comunidades alvo, ligando sua estruturação com a contaminação do ambiente, enquanto que as quantificações de tais genes por meio de PCR quantitativo em tempo real (qPCR) indicaram alterações apenas na comunidade de arquéias oxidadoras de amônio. A filogenia destes grupos revelou a presença de grupos comumente encontrados em solos e água, alem de grupos particulares, possivelmente relacionado ao processo de especiação no ambiente de manguezal. De maneira geral, os resultados indicam que as comunidades de arquéias e bactérias são responsivas ao estado de contaminação dos manguezais, o que pode gerar um processamento diferencial do nitrogênio nestes sedimentos
Title in English
Diversity of archaea and bacteria involved in the nitrogen cycling in mangrove sediments
Keywords in English
Microbial ecology
PCR-DGGE
Pyrosequencing
qPCR
Abstract in English
The mangrove is a coastal ecosystem, located in the interface regions between the land and sea environments, with exclusive occurrence in tropical and subtropical areas. Such location confers to the mangrove sediments unique characteristics, like as high salinity and low availability of oxygen, associated with the high abundance of organic matter. The result of these conditions is the occurrence of a restrict plant diversity, associated with a great diversity of animals, who use the mangroves for its protection and reproduction. The present study has shown how the communities of archaea (16S DNAr and amoA) and bacteria (16S DNAr and nifH) are structured in mangrove soils under distinct states of preservation. The DGGE patterns indicate alterations in the composition of targeted communities, linking its structure with the environmental contamination, while the quantifications of targeted genes by real time PCR (qPCR) has indicated alterations only in the community of ammonium oxidizers archaea. The phylogeny of these groups revealed the presence of groups commonly found in soils and water samples, besides the occurrence of particular groups, possibly resulted from a speciation process in the mangrove environment. In general, results indicated that archaeal and bacterial communities are responsive to the mangroves contamination, and its alteration can also lead to differential nitrogen processing in these soils
 
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Publishing Date
2013-02-26
 
WARNING: The material described below relates to works resulting from this thesis or dissertation. The contents of these works are the author's responsibility.
  • DIAS, A. C. F., et al. Abundance and Genetic Diversity of nifH Gene Sequences in Anthropogenically Affected Brazilian Mangrove Sediments [doi:10.1128/AEM.02273-12]. Applied and Environmental Microbiology [online], 2012, vol. 78, n. 22, p. 7960-7967.
  • DIAS, Armando Cavalcante Franco, et al. Archaeal communities in the sediments of three contrasting mangroves [doi:10.1007/s11368-011-0423-7]. Journal of Soils and Sediments [online], 2011, vol. 11, n. 8, p. 1466-1476.
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