INTRODUÇÃO: O Brasil adentrou o século 21, caracterizado como o século da Ciência e Tecnologia - C&T, buscando discutir, identificar e implantar mecanismos de construção de uma sociedade onde o conhecimento seja o propulsor de conquistas sociais, econômicas e culturais. Tinha pela frente a tarefa de confrontar desafios que se apresentavam no cenário do sistema nacional de C&T, como a fragmentação das atividades de C&T, a ausência de coordenação interinstitucional e a concentração das atividades de C&T em determinadas regiões do país. OBJETIVO: Este estudo se propôs analisar uma das principais estratégias do recém-criado Departamento de Ciência e Tecnologia do Ministério da Saúde para o enfrentamento a estes desafios, desenvolvido, entre os anos 2002 e 2008 por meio do Programa Pesquisa para o SUS: gestão compartilhada em saúde PPSUS. MÉTODO: Trata-se de um estudo exploratório e descritivo, desenvolvido por meio de recursos dos métodos quantitativo de pesquisa e com suporte de instrumentos multivariados de coleta de dados: pesquisa bibliográfica e pesquisa documental. No tocante aos dados, foram coletados dados sobre o conjunto de projetos de pesquisa em ciência e tecnologia em saúde, fomentados no país no período de 2002 a 2008 e financiados pelo Ministério da Saúde, em ação compartilhada com Fundações de Amparo à Pesquisa (FAPs) de Unidades Federativas do país e com Secretarias Estaduais de Saúde (SES). As fontes de coleta dos dados foram a base de dados gerenciais PesquisaSaúde do Ministério da Saúde e a base de dados do Curriculum Lattes do CNPq. A coleta de dados abrangeu o universo de 1.271 projetos de pesquisa, fomentados no país desde o início do programa de fomento à pesquisa em ciência e tecnologia em saúde (2002), até 2008, quando teve início a pesquisa. RESULTADOS: Nas três edições do PPSUS estudadas, houve a participação de todos os 27 estados da federação, 213 instituições de pesquisa e 1.151 pesquisadores. Do total de recursos 41 por cento foram alocados pelas FAPs e SES, mostrando uma crescente responsabilização destes como parceiros efetivos na consolidação do programa. CONCLUSÃO: Os resultados observados reforçaram a hipótese positiva de que o programa de gestão descentralizada produziu efetivamente uma reestruturação em termos de gestão de C&T, interferindo no aprimoramento das políticas de C&T nos estados, institucionalizando ações de gestão de forma a se constituírem numa rotina administrativa. Quanto à redução das desigualdades na distribuição de recursos de C&T entre as grandes regiões do país, os resultados demonstraram que, nos estados onde as FAPs e SES estavam mais estruturadas foram, justamente, aqueles que mais contribuíam para as ações de C&T. Este movimento repete o status quo, proporcionando a continuidade das disparidades regionais. Porém, teve o êxito de produzir uma adesão positiva para ações efetivas em C&T em Estados onde não havia um histórico nesta área, traduzindo-se num forte aliado para a redistribuição de forças no cenário de C&T.

INTRODUCTION: Brazil began the 21st century characterized as the century of Science and Technology - S&T, seeking to discuss, identify, and implement mechanisms for building a society where knowledge is the engine of social achievements, economic and cultural. Its objective was to confront challenges that were presented in the national scenario of S&T, as the fragmentation of S&T, the lack of interagency coordination and, concentration of S & T in certain regions of the country. OBJECTIVE: This study aimed to analyze one of the main strategies of the newly created Department of Science and Technology of the Ministry of Health to face these challenges, developed between 2002 and 2008 by the "Research Program to the SUS: management shared health - PPSUS". METHOD: This was an exploratory and descriptive, developed through features of quantitative methods of research and support tools for multivariate data collection: bibliographic research, desk research. As regards the data were collected on the number of research projects in science and technology in health, fostered in the country in the period 2002-2008 and funded by the Ministry of Health, in action shared with the Research Support Foundations (FAPs) of Federal Units of the country and the State Departments of Health (SES). The sources of data collection were the data base management "PesquisaSaúde" the Ministry of Health and, the database of the CNPq Lattes Curriculum. The data collection covered the universe of 1,271 research projects, promoted in the country since the beginning of the program to encourage research in science and technology in health (2002) until 2008, when the survey began. RESULTS: In the three editions of PPSUS studied, there was participation from all 27 states of the federation, 213 research institutions and researchers 1151. 41 per cent of the total funds were allocated by FAPs and SES, showing an increasing accountability of consolidation as effective partners in the program. CONCLUSION: The results reinforced the positive assumption that the program of decentralized produced effectively restructured in terms of management of C&T, interfering in improving policies for S & T in the states, institutionalizing management actions in order to constitute an administrative routine. As for the reduction of inequalities in the distribution of resources in S & T among the major regions of the country, the results showed that, in states where the FAPs were more structured and SES were precisely those who most contributed to the actions of S&T. This movement repeats the status quo, providing continuity of regional disparities. But the success had to produce a positive adherence to effective actions in S&T in states where there was a historic in this area, resulting in a strong ally for the redistribution of forces in the scenario of S&T.