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Dissertação de Mestrado
Documento
Autor
Nome completo
Karen Honda
Unidade da USP
Área do Conhecimento
Data de Defesa
Imprenta
São Carlos, 2005
Orientador
Banca examinadora
Delbem, Alexandre Cláudio Botazzo (Presidente)
Lopes, Heitor Silvério
Thiemann, Otavio Henrique
Título em português
Algoritmos evolutivos para problemas de projeto de redes aplicados à filogenia
Palavras-chave em português
Não disponível
Resumo em português
Um dos principais problemas da Biologia é tentar explicar o processo evolutivo das espécies existentes e de que forma essas espécies se relacionam em termos de ancestrais comuns. A determinação dessas relações evolutivas dá-se o nome de filogenia ou reconstrução de árvores filogenéticas. A reconstrução de árvores filogenéticas têm sido importante para uma variedade de problemas, tais como: taxonomia, virologia, filogenômica, alinhamento múltiplo de sequências, entre outras. Um problema fundamental em filogenia consiste no fato das espécies ancestrais que existiram no passado não poderem ser observadas diretamente. Assim, é necessário buscar mecanismos para, analisando os organismos atuais, recuperar informações a respeito das relações de parentesco com os organismos ancestrais hipotéticos. Neste sentido, as técnicas filogenéticas buscam determinar os ancestrais hipotéticos que melhor representam um processo evolutivo que explique as espécies existentes. Os Algoritmos Evolutivos (AEs) têm mostrado resultados significativos em filogenia. Por outro lado, a reconstrução de árvores filogenéticas é um problema de Projeto de Redes (PR) para o qual novas abordagens evolutivas têm sido desenvolvidas recentemente buscando o aumento de eficiência computacional. Este trabalho investiga a aplicação dessas novas abordagens para filogenia.
Título em inglês
Not available
Palavras-chave em inglês
Not available
Resumo em inglês
One of the most important problems in Biology is to comprehend the evolutionary process of existing species and determine how they are related with their cornmon ancestors. The determination of these evolutionary relationships is named phylogeny or phylogenetic tree reconstruction. The reconstruction of phylogenetic trees have shown to be important for a variety of problems, such as: taxonomy, virology, phylogenomic, multiple sequences alignment, among others. One fundamental problern in phylogeny is that ancestral species cannot be directly observed. In order to overcome this problem, search mechanisms have been employed to reconstruct the relationships among these organisms and their hypothetical ancestors. Therefore, the phylogenetic techniques search for hypotetical ancestors that best describe an evolutionary process which must explain the today species. Evolutionary Algorithms have shown relcvant, results in phylogeny. On the other hand, the phylogenetic tree reconstruction is a network design problem for which new evolutionary algorithms with special encoding have been developed in order to improve their efficiency. This work investigates the application of these new approaches to phylogeny.
 
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KarenHonda.pdf (2.09 Mbytes)
Data de Publicação
2017-12-19
 
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