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Dissertação de Mestrado
DOI
10.11606/D.55.2007.tde-09052007-155734
Documento
Autor
Nome completo
Tiago José da Silva Lopes
E-mail
Unidade da USP
Área do Conhecimento
Data de Defesa
Imprenta
São Carlos, 2007
Orientador
Banca examinadora
Telles, Guilherme Pimentel (Presidente)
Delbem, Alexandre Cláudio Botazzo
Walter, Maria Emília Machado Telles
Título em português
Um novo algoritmo de clustering para a organização tridimensional de dados de expressão gênica
Palavras-chave em português
Bioinformática
Clustering
Expressão gênica
Microarray
Resumo em português
Neste trabalho desenvolvemos um novo algoritmo para clustering para dados de expressão gênica. As abordagens tradicionais utilizam um conjunto de dados na forma de uma tabela de duas dimensões, onde as linhas são os genes e as colunas são as condições experimentais. Nós utilizamos uma estrutura de três dimensões, acrescentando fatias de tempo. Implementamos nosso algoritmo e testamos com conjuntos de dados sintéticos e dados reais, usando índices de validação para comparar os resultados obtidos pelo nosso algoritmo com os resultados produzidos pelo algoritmo TriCluster. Os resultados mostraram que o nosso algoritmo é bom para dados de expressão gênica em três dimensões e pode ser aplicado a dados de outros domínios
Título em inglês
A new clustering algorithm for tridimensional gene expression data
Palavras-chave em inglês
Bioinformatics
Clustring
Gene expression
Microarray
Resumo em inglês
In this study we developed a new clustring algorithm for gene expression data. Previous solutions use a dataset in the form of a table, where the rows are the genes and the columns are the experimental conditions. We used a three-dimensional structure adding time-slices. We implemented this algorithm and tested it with synthetic and real data, using validation index to compare our results with the results obtained by the TriCluster algotithm. Results show that our solution is good for three dimensional gene expression data and can be employed to other domains
 
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Data de Publicação
2007-05-09
 
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