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Mémoire de Maîtrise
DOI
10.11606/D.45.2000.tde-26112001-150157
Document
Auteur
Nom complet
Said Sadique Adi
Adresse Mail
Unité de l'USP
Domain de Connaissance
Date de Soutenance
Editeur
São Paulo, 2000
Directeur
Jury
Ferreira, Carlos Eduardo (Président)
Matioli, Sergio Russo
Meidanis, Joao
Titre en portugais
Ferramentas de auxílio ao seqüenciamento de DNA por montagem de fragmentos: um estudo comparativo.
Mots-clés en portugais
biologia computacional
DNA
montagem de fragmentos
Resumé en portugais
Atualmente, existe um grande número de ferramentas para montagem de fragmentos de DNA disponíveis. Neste trabalho apresentamos um estudo comparativo das ferramentas CAP2, FAKtory, TIGR e PHRAP. Para realizarmos este estudo, primeiramente executamos esses sistemas de montagem sobre 12 casos de testes distintos. Após isso, tomamos os resultados obtidos por cada um deles e os comparamos com as seqüências de onde os fragmentos foram originalmente obtidos. Os testes utilizados avaliam a eficiências dos programas com relação a três problemas associados ao processo de montagem (erros no sequenciamento, fragmentos quimeras e regiões repetidas) e pudemos ver que nenhum dos sistemas é claramente superior aos demais no tratamento de todos eles. Cada ferramenta de montagem parece tratar de melhor forma um problema em especial.Além de avaliarmos os resultados, realizamos também um estudo.
Titre en anglais
DNA fragments assembly programs: a comparative study.
Mots-clés en anglais
computacional biology
fragments assembly programs
Resumé en anglais
Noways, several peckages for DNA fragment assembly are aviable. In this wok we present a comparative study of the preformances of the programs CAP2, FAKtory, TIGR e PHrap. To get to our objetives, we firt ran each of these programs on twelve intances. After this,we compared the outputs with the sequences from wich the fragments were originally obtained. In this comparison,we took into consideration three problems related to fragments assembly (sequencing errors, chimeric fragments and repeats regions). We conclude that no one of the packages we tested is more efficient than the others when considering all the problems cited above. If we consider a particular problem, the we observed different performances among the programs. Even more, we compare the packages with respect to theirs to CPU times.
 
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prjdiss.pdf (727.77 Kbytes)
Date de Publication
2002-11-28
 
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