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Disertación de Maestría
DOI
10.11606/D.45.2000.tde-26112001-150157
Documento
Autor
Nombre completo
Said Sadique Adi
Dirección Electrónica
Instituto/Escuela/Facultad
Área de Conocimiento
Fecha de Defensa
Publicación
São Paulo, 2000
Director
Tribunal
Ferreira, Carlos Eduardo (Presidente)
Matioli, Sergio Russo
Meidanis, Joao
Título en portugués
Ferramentas de auxílio ao seqüenciamento de DNA por montagem de fragmentos: um estudo comparativo.
Palabras clave en portugués
biologia computacional
DNA
montagem de fragmentos
Resumen en portugués
Atualmente, existe um grande número de ferramentas para montagem de fragmentos de DNA disponíveis. Neste trabalho apresentamos um estudo comparativo das ferramentas CAP2, FAKtory, TIGR e PHRAP. Para realizarmos este estudo, primeiramente executamos esses sistemas de montagem sobre 12 casos de testes distintos. Após isso, tomamos os resultados obtidos por cada um deles e os comparamos com as seqüências de onde os fragmentos foram originalmente obtidos. Os testes utilizados avaliam a eficiências dos programas com relação a três problemas associados ao processo de montagem (erros no sequenciamento, fragmentos quimeras e regiões repetidas) e pudemos ver que nenhum dos sistemas é claramente superior aos demais no tratamento de todos eles. Cada ferramenta de montagem parece tratar de melhor forma um problema em especial.Além de avaliarmos os resultados, realizamos também um estudo.
Título en inglés
DNA fragments assembly programs: a comparative study.
Palabras clave en inglés
computacional biology
fragments assembly programs
Resumen en inglés
Noways, several peckages for DNA fragment assembly are aviable. In this wok we present a comparative study of the preformances of the programs CAP2, FAKtory, TIGR e PHrap. To get to our objetives, we firt ran each of these programs on twelve intances. After this,we compared the outputs with the sequences from wich the fragments were originally obtained. In this comparison,we took into consideration three problems related to fragments assembly (sequencing errors, chimeric fragments and repeats regions). We conclude that no one of the packages we tested is more efficient than the others when considering all the problems cited above. If we consider a particular problem, the we observed different performances among the programs. Even more, we compare the packages with respect to theirs to CPU times.
 
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prjdiss.pdf (727.77 Kbytes)
Fecha de Publicación
2002-11-28
 
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