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Mémoire de Maîtrise
DOI
https://doi.org/10.11606/D.43.2016.tde-15122016-105928
Document
Auteur
Nom complet
Herbert de Castro Georg
Adresse Mail
Unité de l'USP
Domain de Connaissance
Date de Soutenance
Editeur
São Paulo, 2002
Directeur
Jury
Coutinho, Kaline Rabelo (Président)
Freitas, Luiz Carlos Gomide
Henriques, Vera Bohomoletz
Titre en portugais
Estudo teórico da estabilidade estrutural e solvatação hidrofílica da alfa-ciclodextrina
Mots-clés en portugais
FÍSICA DO ESTADO LÍQUIDO (SIMULAÇÃO COMPUTACIONAL)
MECÂNICA QUÂNTICA
Resumé en portugais
Fizemos um estudo teórico sistemático e criterioso para entender o papael das moléculas de água na estabilização da geometria de alfa-ciclodextrina (alfa-CD) em solução aquosa. Adicionalmente, analisamos a confiabilidade dos campos de força clássicos amplamente utilizados e a aplicabilidade de geometrias otimizadas com cálculos quânticos, através de comparação com resultados experimentais. Inicialmente realizamos otimizações de geometria da alfa-CD isolada utilizando os métodos clássicos AMBER, OPLS e MM2 e os métodos quânticos Hartree-Fock (HF), AM1 e PM3. Dentre as 42 geometrias encontradas, identificamos a mais estável obtida com métodos clássicos (AMBER) e com método quântico (HF). Através de comparação de propriedades estruturais dessas duas geometrias com os dados experimentais, observamos que elas são muito próximas e que diferem basicamente pelo tamanho da cavidade, abertura do cone e conformação das hidroxilas primárias. Na geometria AMBER essas hidroxilas são todas (-)gauche enquanto que na HF há duas hidroxilas na conformação trans provocadas pela formação de ligações de hidrogênio intramoleculares e com isso dando uma estabilidade maior para essa geometria de cerca de 2 kcal/mol. Utilizando simulações computacionais com método de Monte Carlo, analisamos a solvatação dessas duas geometrias em água. Verificamos que a geometria AMBER, embora tendo um dipolo menor, interage mais fortemente com a água por cerca de 21 kcal/mol. Isso é decorrência de 6 ligações de hidrogênio a mais que essa geometria faz com a água em comparação com a geometria HF. Analisamos também o caráter hidrofóbico da cavidade e calculamos a densidade interna na geometria HF e 0.33 g/cm POT.3 enquanto que na cavidade da geometria AMBER essa densidade é 0.46 g/cm POT.3. O efeito hidrofóbico provocado pela cavidade em ambas as geometrias é bastante forte, sendo na geometria HF um pouco maior. Para finalizar nossa análise, ) realizamos simulações com Teoria de Perturbação Termodinâmica (PT) e calculamos a variação de energia livre entre essas duas geometrias em solução aquosa. Encontramos que a geometria AMBER é mais estável em água por cerca de 20 kcal/mol. Como a entropia é dada por ( alfaF-alfaE)/T, temos que a variação da entropia entre os dois estados é desprezível. Assim verificamos que dentre os métodos teóricos utilizados para otimização de geometria, o campo de força clássico AMBER foi o que melhor descreveu a geometria da alfa-CD
Titre en anglais
Theoretical study of the structural stability and hydrophilic solvation of 'alpha'-cyclodextrin
Mots-clés en anglais
COMPUTATIONAL SIMULATION
Quantum mechanics
Solid state physics
Resumé en anglais
Theoretical study of the structural stability and hydrophilic solvation of 'alpha'-cyclodextrin
 
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herbertGEORG.pdf (7.97 Mbytes)
Date de Publication
2016-12-19
 
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  • GEORG, Herbert de Castro, COUTINHO, K., and CANUTO, S. A look inside the cavity of hydrated a-cyclodextrin: A computer simulation study [doi:10.1016/j.cplett.2005.07.036]. Chemical Physics Letters [online], 2005, vol. 413, p. 16-21.
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