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Master's Dissertation
DOI
https://doi.org/10.11606/D.43.2016.tde-15122016-105928
Document
Author
Full name
Herbert de Castro Georg
E-mail
Institute/School/College
Knowledge Area
Date of Defense
Published
São Paulo, 2002
Supervisor
Committee
Coutinho, Kaline Rabelo (President)
Freitas, Luiz Carlos Gomide
Henriques, Vera Bohomoletz
Title in Portuguese
Estudo teórico da estabilidade estrutural e solvatação hidrofílica da alfa-ciclodextrina
Keywords in Portuguese
FÍSICA DO ESTADO LÍQUIDO (SIMULAÇÃO COMPUTACIONAL)
MECÂNICA QUÂNTICA
Abstract in Portuguese
Fizemos um estudo teórico sistemático e criterioso para entender o papael das moléculas de água na estabilização da geometria de alfa-ciclodextrina (alfa-CD) em solução aquosa. Adicionalmente, analisamos a confiabilidade dos campos de força clássicos amplamente utilizados e a aplicabilidade de geometrias otimizadas com cálculos quânticos, através de comparação com resultados experimentais. Inicialmente realizamos otimizações de geometria da alfa-CD isolada utilizando os métodos clássicos AMBER, OPLS e MM2 e os métodos quânticos Hartree-Fock (HF), AM1 e PM3. Dentre as 42 geometrias encontradas, identificamos a mais estável obtida com métodos clássicos (AMBER) e com método quântico (HF). Através de comparação de propriedades estruturais dessas duas geometrias com os dados experimentais, observamos que elas são muito próximas e que diferem basicamente pelo tamanho da cavidade, abertura do cone e conformação das hidroxilas primárias. Na geometria AMBER essas hidroxilas são todas (-)gauche enquanto que na HF há duas hidroxilas na conformação trans provocadas pela formação de ligações de hidrogênio intramoleculares e com isso dando uma estabilidade maior para essa geometria de cerca de 2 kcal/mol. Utilizando simulações computacionais com método de Monte Carlo, analisamos a solvatação dessas duas geometrias em água. Verificamos que a geometria AMBER, embora tendo um dipolo menor, interage mais fortemente com a água por cerca de 21 kcal/mol. Isso é decorrência de 6 ligações de hidrogênio a mais que essa geometria faz com a água em comparação com a geometria HF. Analisamos também o caráter hidrofóbico da cavidade e calculamos a densidade interna na geometria HF e 0.33 g/cm POT.3 enquanto que na cavidade da geometria AMBER essa densidade é 0.46 g/cm POT.3. O efeito hidrofóbico provocado pela cavidade em ambas as geometrias é bastante forte, sendo na geometria HF um pouco maior. Para finalizar nossa análise, ) realizamos simulações com Teoria de Perturbação Termodinâmica (PT) e calculamos a variação de energia livre entre essas duas geometrias em solução aquosa. Encontramos que a geometria AMBER é mais estável em água por cerca de 20 kcal/mol. Como a entropia é dada por ( alfaF-alfaE)/T, temos que a variação da entropia entre os dois estados é desprezível. Assim verificamos que dentre os métodos teóricos utilizados para otimização de geometria, o campo de força clássico AMBER foi o que melhor descreveu a geometria da alfa-CD
Title in English
Theoretical study of the structural stability and hydrophilic solvation of 'alpha'-cyclodextrin
Keywords in English
COMPUTATIONAL SIMULATION
Quantum mechanics
Solid state physics
Abstract in English
Theoretical study of the structural stability and hydrophilic solvation of 'alpha'-cyclodextrin
 
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herbertGEORG.pdf (7.97 Mbytes)
Publishing Date
2016-12-19
 
WARNING: The material described below relates to works resulting from this thesis or dissertation. The contents of these works are the author's responsibility.
  • GEORG, Herbert de Castro, COUTINHO, K., and CANUTO, S. A look inside the cavity of hydrated a-cyclodextrin: A computer simulation study [doi:10.1016/j.cplett.2005.07.036]. Chemical Physics Letters [online], 2005, vol. 413, p. 16-21.
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