T. cruzi compreende populações heterogêneas classificadas nas linhagens TCI e TCIIa-e. Neste estudo, foi caracterizado um grande número de isolados de mamíferos e vetores silvestres de diversas origens geográficas, além de isolados humanos da Amazônia. Análises filogenéticas baseadas em SSU rDNA e Cyb foram utilizadas para inferir relações entre linhagens e padrões biogeográficos. Além de análises ITS1 rDNA e RAPD para detectar polimorfismo intraespecífico. TCIIa circula em primatas e é transmitida por Rhodnius, no ecótopo arbóreo da Amazônia brasileira ocasionalmente infectando o homem. TCI é mais prevalente em macacos e no homem na Amazônia onde pode causar doença severa, como demonstramos no Nordeste. No Brasil, morcegos são infectados por três espécies de tripanossomas, incluindo uma nova linhagem de T. cruzi (TCbat). Foram caracterizados T. rangeli de macacos e morcegos. A linhagem TCIIc possui ampla distribuição no Brasil, associada com mamíferos e triatomíneos terrestres. Isolados TCIIa dos USA pertencem a uma linhagem, aparentemente ausente no Brasil.

T. cruzi comprises highly heterogeneous populations classified as TCI and TCIIa-e lineages. This study characterized large wild mammal and vector strains of various geographical origins, and human isolates from Amazonia. Phylogenetic analysis using SSU rDNA and Cyb genes inferred relationships among lineages and their biogeographic patterns. ITS1 rDNA and RAPD detected intraspecific polymorphism. TCIIa circulates in primates in the Brazilian Amazon, transmitted by Rhodnius in arboreal ecotopes sporadically infecting humans. TCI is the most prevalent in the Amazonian primates and humans, and can induce severe Chagas disease as demonstrated in a patient from Northeast Brazil. Bats of several biomes were found infected by three trypanosome species, including a new lineage of T. cruzi denominated TCbat. Isolates from monkeys and bats were also molecularly characterized. The lineage TCIIc showed to be widespread in Brazil, and was associated to terrestrial mammals and triatomines. TCIIa from the USA corresponds to an independent lineage, probably absent in Brazil.