Linhagens mutantes foram obtidas para os fatores sigma s^E (RpoE) e s^N (RpoN) da bactéria Xylella fastidiosa. O mutante rpoE mostrou-se sensível a etanol e a choque térmico. Análises de microarranjo de DNA, de RT-PCR quantitativo e mapeamento de sítios de início de transcrição permitiram definir o regulon s^E em resposta ao choque térmico. Verificou-se co-transcrição entre os genes que codificam para s^E, seu anti-sigma e uma protease, e s^E não se mostrou auto-regulado, mas regulou o gene do anti-sigma. Análises similares às acima indicaram que o gene pilA, codificando a pilina da fímbria tipo IV, é positivamente regulado por s^N, enquanto o operon codificando proteínas da fímbria tipo I é regulado negativamente, explicando a maior formação de biofilme e auto-agregação no mutante rpoN. O perfil temporal de expressão da linhagem selvagem J1a12 em carência de nitrogênio foi determinado, além de genes induzidos por carência de nitrogênio via s^N. Assim, s^N regula genes de fímbrias e de resposta à carência de nitrogênio em Xylella fastidiosa.