Os colifagos somáticos (CS) são os melhores indicadores de poluição fecal. Neste trabalho, foi determinada a abundância de CS em amostras de água do mar, plâncton, e bivalves coletadas em Santos, São Sebastião e Ubatuba. Houve correlação positiva entre CS e as bactérias marinhas viáveis, coliformes termotolerantes, E.coli e enterococos intestinais, e a correlação foi negativa com a temperatura. As maiores contagens de CS foram obtidas em Santos. As freqüências das famílias encontradas nas amostras de água do mar e plâncton foram: Siphoviridae (50% e 65,8%), Podoviridae (36% e 15,8%), Microviridae (9% e 15,8%) e Myoviridae (5%, 2,6%), respectivamente. Em bivalves, só foi observada Siphoviridae. Os morfotipos observados foram A1 (3%), B1 (63%), C1 (21%) e D1 (13%). As técnicas de RFLP e rep-PCR não foram discriminatórias. 9,6% dos colifagos apresentaram os genes que codificam para as toxinas ST e/ou LT. O presente estudo está identificando os colifagos como perigos microbiológicos e gerando subsídios para avaliação de riscos microbiológicos no ecossistema marinho.

The somatic coliphages (SC) are the better indicator for fecal pollution. In this research, it was obtained the SC abundance in seawater, plankton and bivalves samples collected from Santos, São Sebastiâo and Ubatuba. SC counts were correlated with marine viable bacteria, thermotolerant coliforms, E. coli and intestinal enterococci, and the correlation was negative with the temperature. Highest SC counts were obtained from samples collected at Santos. The frequency of SC families found in seawater and plankton samples were: Siphoviridae (50% and 65.8%), Podoviridae (36% and 15.8%), Microviridae (9% and 15.8%), and Myoviridae (5%, 2.6%), respectively. In bivalves, only Siphoviridae was found. Morphotypes A1 (3%), B1 (63%), C1 (21%) and D1 (13%) were observed. The RFLP and rep-PCR techniques were not discriminatory. 9.6% of coliphages contained genes codifying for thermostable toxin (ST) and/or thermolabil toxin (LT). This study is identifying the coliphages as microbial hazard and giving support to later studies for microbial risk assessment of marine ecosystem.