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Mémoire de Maîtrise
DOI
https://doi.org/10.11606/D.42.2017.tde-10052017-163350
Document
Auteur
Nom complet
Juan Camilo Roncallo Sarmiento
Unité de l'USP
Domain de Connaissance
Date de Soutenance
Editeur
São Paulo, 2017
Directeur
Jury
Silva, Luiziana Ferreira da (Président)
Acosta, Maria Beatriz Riveron
Maldonado, Gabriel Padilla
Pessoa Junior, Adalberto
Titre en portugais
Avaliação da expressão de genes da via de Weimberg sobre o catabolismo de xilose na linhagem produtora de PHAMCL Pseudomonas sp. LFM046.
Mots-clés en portugais
Pseudomonas sp.
Análise de balanço de fluxos
Catabolismo de xilose
Engenharia metabólica
LFM046
Via de Weimberg
Resumé en portugais
Polihidroxialcanoatos (PHA) são polímeros biodegradáveis, biocompatíveis e podem ser produzidos a partir de matérias primas renováveis. Pseudomonas sp. é capaz de produzir PHA com composição monomérica variada e com teor controlável, o que confere grande variedade de aplicações. Flux Balance Analysis (FBA) foi utilizado no ambiente Matlab pelo uso do software COBRA. Para a análise foi necessário construir um core de Pseudomonas pela modificação dum core de E. coli, e assim fosse possível obter um modelo mais aproximado. Como resultado foi gerada uma rede metabólica viável contendo os genes da via de Weimberg de C. crescentus no core construído. Paralelamente, a Pseudomonas sp. LFM046 foi repicada sucessivas vezes em meio mineral (MM). Testes simples foram feitos para verificar o perfil das colônias isoladas, além de amplificar e sequenciar o gene 16S rDNA. O resultado do BLAST foi uma identidade de 99% com o gene da Pseudomonas sp. IPT 046, confirmando que a bactéria pertence a género Pseudomonas e tem a capacidade de consumir xilose.
Titre en anglais
Evaluation of gene expression of the Weinberg pathway on the xylose catabolism in the de PHAMCL-producing strain Pseudomonas sp. LFM046.
Mots-clés en anglais
Pseudomonas sp.
Flux balance analysis
LFM046
Metabolic engineering
Weinberg pathway
Xylose catabolism
Resumé en anglais
Polyhydroxyalkanoates (PHA) are biodegradable, biocompatible polymers and can be produced from renewable raw materials. Pseudomonas sp. is capable of producing PHA with varied monomer composition and with controllable content, which confers a great variety of applications. Flux Balance Analysis (FBA) was used in the Matlab environment by the use of COBRA software. For the analysis, it was necessary to construct a Pseudomonas core by modifying an E. coli core, so that a more approximate model could be obtained. As a result a viable metabolic network was generated containing the C. crescentus Weimberg pathway genes in the constructed core. In parallel, Pseudomonas sp. LFM046 was repeated successively in mineral medium (MM). Simple tests were done to verify the profile of the isolated colonies, in addition to amplifying and sequencing the 16S rDNA gene. The BLAST result was 99% identity with the Pseudomonas sp gene. IPT 046, confirming that the bacterium belongs to the genus Pseudomonas and has the ability to consume xylose.
 
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Date de Publication
2017-05-15
 
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