Fusarium verticillioides, produtor de fumonisinas, é comumente associado aos grãos de milho. O objetivo proposto foi pesquisar a micobiota e fumonisinas em diferentes genótipos de milho transgênico (Bt) e seus respectivos controles. A micobiota dos grãos, realizada pela técnica da semeadura direta, revelou a presença de variados gêneros fúngicos. As cepas de Fusarium isoladas foram identificadas até espécie por metodologia clássica e molecular. A atividade de água média nos híbridos foi superior a 0,90. Observamos maior contaminação fúngica nos controles, com exceção do 2B710Hx. A freqüência relativa do gênero Fusarium nos diferentes híbridos revelou menor contaminação nos transgênicos, excetuando o AG8088 VTPRO. F. verticillioides foi o fungo mais frequente. A análise de fumonisinas, revelou fumonisina B₁ em 92,5 % das amostras e fumonisina B₂ em 47,1%. Não foi constatada variação na produção de fumonisinas nos genótipos 2B710 e 30F35 (transgênico e não transgênico). Já para o genótipo AG8088 houve menor produção de fumonisina B₁ na variedade transgênica.

Fusarium verticillioides, fumonisin producer, is commonly associated with corn kernels. The proposed objective was to investigate the mycobiota and fumonisins in different genotypes of transgenic corn (Bt) and their respective controls. The mycobiota of grain, using the technique of direct plating, revealed the presence of several genera of fungi. The strains of Fusarium isolated were identified to species by classical and molecular methods. The average water activity in the hybrids was higher than 0.90. We observed greater fungal contamination in controls, with the exception of 2B710Hx. The relative frequency of Fusarium in different hybrids revealed lower contamination in transgenic, excepting AG8088VTPRO. F. verticillioides was the most common fungus. Analysis of fumonisins revealed fumonisin B₁ in 92.5% of the samples and fumonisin B₂ in 47.1%. No change was observed in the production of fumonisins in genotypes 2B710 and 30F35 (transgenic and non-transgenic). However AG8088 for genotype had lower production of fumonisin B₁ in transgenic variety.