Tradições acadêmicas no ensino da ecologia, assim como livros-texto convencionais redigidos de forma enciclopédica muitas vezes mascaram uma história de grandes controvérsias que existe por trás dos fundamentos teóricos desta disciplina. Muitos ecólogos são formados sem se darem conta dos diversos debates conflituosos que certamente circundam o corpo teórico de seus programas de pesquisa. Contudo, basta um aprofundamento mínimo na literatura para que se perceba a grande confusão que se transformou a formalização teórica da ecologia. Com suas raízes na história natural do século XIX e com uma ênfase empiricista, a ecologia passou por uma fase de formalização teórica calcada em uma episteme dedutivo-nomológica e na modelagem matemática de sistemas dinâmicos no começo do século XX. Este enfoque no aspecto conjectural da ecologia se consolidou na década de 1960 e muitos pesquisadores passaram a alegar que este seria o método ideal para a formalização de teorias sólidas e gerais. Entretanto, na década seguinte se inicia um contra-movimento, que criticou duramente esta escola alinhada ao pensamento dos físicos, culminando em debates que resultaram em posturas de radicalismo extremo em relação a qual é o objeto de estudo da ecologia e como o ecólogo deve proceder em sua atividade. Neste momento, passa a ser crucial que o cientista se volte à filosofia e à história das ciências para entender mais profundamente as origens e os motivos dessas confusões. Este conhecimento se faz necessário para que o ecólogo possa se posicionar criticamente dentro destas controvérsias e assim (re)definir seu próprio programa de pesquisa com mais coerência. Contudo, é preciso estar preparado para uma jornada psicologicamente intensa. Para muitos, esta empreitada histórico-filosófica gera um sentimento de frustração (no mínimo um grande desconforto intelectual) ao perceberem que a epistemologia não provê uma resposta simples e consensual para perguntas muito básicas como: o que é um conhecimento cientificamente válido? Quais são os fundamentos da teoria ecológica? A falta de treinamento em epistemologia associado à uma relutância psicológica em se envolver na área, mantiveram grande parte dos ecólogos afastada do debate filosófico, fazendo com que alguns equívocos sobre a ciência ecológica se propagassem por gerações. Assim, disputas intermináveis se sucederam na literatura dividindo os ecólogos ao invés de unir-los. Criou-se uma sensação geral de que há uma dicotomia entre teoria e empiria (também vista na forma de uma dicotomia conjectura-inferência), o que me parece um problema grave pois essa divisão é ilusória; a ciência é uma fusão desses dois componentes. Esta percepção dicotômica se estende a outros temas epistemológicos muito relevantes (\textit{e.g.} indução ou dedução, descrição de padrões ou explicação por processos e mecanismos causais, generalidade ou precisão), o que a meu ver é prejudicial para um avanço fluente do conhecimento. Esta tese é uma tentativa de contextualizar historicamente o desenvolvimento do pensamento ecológico e revisar criticamente o debate epistemológico científico, assim como algumas controvérsias heurísticas relacionadas à modelagem de padrões e processos ecológicos, para então prover um argumento favorável ao pluralismo epistemológico na ecologia. Ao final, faço uma síntese das controvérsias epistemológicas, apresentando uma proposta de como conceber um programa de pesquisa em ecologia aberto ao pluralismo epistemológico. Para isso, valerei-me da noção de caixa preta epistemológica e de redes complexas de conhecimento tanto para mostrar que o pluralismo epistemológico pode ser visto como uma questão cultural intrínseca da ciência, como também para sugerir que uma postura colaborativa em detrimento de uma competitiva (conflituosa) é muito mais intuitiva e coerente para um ecólogo do século XXI. Acredito que uma predisposição ao sincretismo cultural em detrimento de um etnocentrismo “irracional” tem grande potencial de catalisar o avanço atravancado e controverso da ciência ecológica

Academic traditions in teaching ecology, as well as conventional encyclopedical textbooks often mask a history of great controversies behind the theoretical bases of this discipline. Many ecologists are trained without realizing the many conflicting debates that surround the theoretical body of the research programs they are inserted in. However, a simple deepening in the literature is enough to sense the confusion that theoretical formalization of ecology has become. With its roots in 19th century natural sciences and with empiricist emphasis, ecology went through a phase of theoretical formalization based on a deductive-nomological epistemology and in mathematical modeling of dynamic systems in the beginning of 20th century. This focus on the conjectural aspect of ecology consolidated in the 60's and many researchers claimed this would be the ideal method to formalize solid and general theories. Yet in the following decade a counter-movement began, strongly criticizing this school of thought aligned with physicists, culminating in debates that resulted in extreme radicalism regarding the definition of ecology's study subject and how the ecologist should proceed in his activity. At this point it becomes crucial to the scientist to face philosophy and the history of sciences to further understand the origins and reasons for these confusions. This knowledge enables the ecologist to critically position oneself within these controversies and thus (re)define his own research program coherently. One should be prepared however, for an intense psychological journey. For many this historical-philosophical quest brings a sense of frustration (a great intellectual discomfort at least) since the epistemology does not provide a simple and consensual answer to basic questions such as: what is a valid scientific knowledge? What are the bases of ecological theory? This way, the lack of training in epistemology associated with psychological reluctance to get involved in this area, have kept most ecologists away from the philosophical debate, allowing some mistakes and misconceptions about the ecological sciences to propagate for generations. Thus, endless disputes in the literature divided ecologists instead of uniting them. A general sense was created that there is a dichotomy between theory and empiricism (also seen as a dichotomy between conjecture-inference), which seems to me as a serious problem given this division is illusory; science is the fusion of these two components. This dichotomous perception extends to other very important epistemological themes (e.g. induction or deduction, pattern description or explanation through causal processes and mechanisms, generality or precision), what hampers the advancement of ecological knowledge. This thesis is an attempt to contextualize historically the development of ecological thought and critically review the scientific epistemological debate, as well as some heuristic controversies related to modeling of ecological patterns and processes, to provide a favorable argument towards an epistemological pluralism in ecology. Finally, I synthesize the epistemological controversies, proposing how to conceive a research program in ecology opened to epistemological pluralism. For such I'll make use of the notion of an epistemological black box and of complex knowledge networks, both to show that epistemological pluralism can be seen as a cultural matter intrinsic to science, and also to suggest that a collaborative attitude instead of a competitive (conflicting) is much more intuitive and coherent with the 21st century ecologist. I believe that a predisposition to cultural syncretism in place of an “irrational” ethnocentrism has great potential to catalyze the advancement of the hampered and controversial science of ecology