Os crustáceos do gênero Aegla, endêmicos da América do Sul, são os únicos decápodes anomuros que vivem em ambientes de água doce. A descoberta de fósseis em sedimentos marinhos deixou poucas dúvidas sobre a origem do grupo. Diversos estudos taxonômicos, morfológicos e de distribuição geográfica têm sido realizados sobre os eglídeos. Entretanto, informações filogenéticas baseadas na morfologia do grupo limitam-se, basicamente, aos trabalhos sobre a posição da família Aeglidae na infraordem Anomura e a um trabalho pioneiro, no qual os autores propuseram um cladograma para sete espécies com ocorrência no Chile. A partir de revisões taxonômicas e de uma análise cladística, com base em caracteres morfológicos, das espécies de Aegla que ocorrem nas bacias hidrográficas do Alto Paraná e Alto Uruguai, obteve-se: 1. O não-monofiletismo do clado Alto Paraná-Alto Uruguai; 2. Aegla leptochela relacionada filogeneticamente com outras espécies do Alto Ribeira; 3. Aegla marginata é uma espécie parafilética e forma um complexo com Aegla quilombola n. sp.; 4. Aegla franca e A. perobae são espécies irmãs; 5. Aegla lata, entre outras espécies, aparecem relacionadas com populações de diferentes bacias hidrográficas demonstrando tanto a falta de caracteres derivados dentro de Aeglidae, bem como a possibilidade de existirem mais complexos de diferentes espécies nessa família; 6. A invasão ao ambiente subterrâneo ocorreu mais de uma vez ao longo do tempo e espécies estigobiontes não são irmãs recíprocas exclusivas; 7. Aegla paulensis trata-se de um complexo de sete espécies distintas: Aegla paulensis s. str., A. rosanae, A. lancinhas, A. japi n. sp., A. jaragua n. sp., A. jundiai n. sp. e A. vanini n. sp. Além disso, análises em microscopia eletrônica de varredura dos tubos sexuais de machos de 39 espécies de Aegla, revelaram dois principais tipos, o longo estreito e o curto largo e, ainda, que cada espécie possui um conjunto de características específicas para essa estrutura, podendo, então, ser utilizada como caráter diagnóstico em descrições taxonômicas

The South American endemic genus Aegla represents the only anomuran decapod crustaceans strictly living in freshwaters. Marine fossil records left no doubts regarding the origin of the group. A number of studies on taxonomy, morphology and geographical distribution of aeglid have been carried out. Nevertheless, morphology based phylogenetic information about the group is limited to studies of the positioning of Aeglidae into the Anomuran infraorder and one pioneer work which presented a cladogram for seven species from Chile. Through cladistic analysis based on morphological characters of Aegla species occurring in the upper Paraná and upper Uruguay hydrographic basins the following results were obtained: 1. The non-monophyletic condition of the upper Paraná-upper Uruguay clade; 2. Aegla leptochela phylogenetically related to other species from Alto Ribeira; 3. Aegla marginata is paraphyletic, constituting a complex with Aegla quilombola n. sp.; 4. Aegla franca and A. perobae are sister species; 5. Aegla lata and other species were related with populations from different hydrographic basins, showing the lack of derived characters in Aeglidae and the possibility of existence of other species complexes in this family; 6. Invasion to the underground environments occurred more than once and the stygobiont species are not exclusive reciprocal sisters; 7. Aegla paulensis is a species complex encompassing seven species: Aegla paulensis s. str., A. rosanae, A. lancinhas, A. japi n. sp., A. jaragua n. sp., A. jundiai n. sp. e A. vanini n. sp.. In addition, scanning electron microscopy revealed two main types of sexual tubes (long and narrow; short and wide) in males from 39 Aegla species. Each species has a specific set of characters for this structure, hence indicating it can be used as diagnostic character in taxonomic descriptions