Phlegmariurus is the most abundant genus of Lycopodiaceae in Brazil with 40 species, 24 of which are endemic, occurring mainly in the Atlantic Rainforest and Rocky Fields (“Campos Rupestres”) in the Espinhaço range. Some phylogeny works with the group had already been carried out, but not including a representative sample of the Brazilian species. Thus, we performed a molecular phylogeny of Phlegmariurus species endemic in Brazil using three molecular markers of cpDNA. Phlegmariurus showed to be monophyletic, including two clades, one Neotropical and another Paleotropical. All the Brazilian species sampled appeared in the Neotropical clade. The endemic species appeared in several clades alongside Andean species. Epiphytism and the microphylls differentiation were optimized at the obtained clade and they appeared several times in the evolutionary history of the group

Phlegmariurus é o gênero mais abundante de Lycopodiaceae no Brasil com 40 espécies, sendo 24 destas endêmicas, ocorrendo principalmente na Mata Atlântica e Campos Rupestres da Cadeia do Espinhaço. Alguns trabalhos de filogenia com o grupo já haviam sido realizados, contudo sem incluir uma amostragem representativa das espécies brasileiras. Dessa forma, realizamos a filogenia molecular das espécies de Phlegmariurus endêmicas do Brasil utilizando três marcadores moleculares de cpDNA. Phlegmariurus se mostrou monofilético, incluindo dois clados, um Neotropical e outro Paleotropical. Todas as espécies brasileiras amostradas apareceram no clado neotropical. As espécies endêmicas apareceram em vários clados em meio as espécies andinas. O epifitismo e a diferenciação dos microfilos foram otimizados nos clados obtidos e indicaram que essas características surgiram várias vezes na história evolutiva do grupo