Abordagens como homologia, construção de táxons e reconstrução da filogenia podem ser contextualizadas e investigadas por meio de uma conexão histórica e atual entre sistemática e filosofia. A presente tese defende essa conexão científico-filosófica, tendo como estudo de caso ambos o complexo Ocotea, que abrange 13 gêneros e 750 espécies predominantemente neotropicais, e o grupo Ocotea indecora, com 20 espécies e centro de diversidade na floresta atlântica do sudeste do Brasil. O capítulo 1 discute a conceitualização de táxons e homologias (táxica e transformativa) como ambos indivíduos e espécies naturais (ou agrupamentos de espécies com propriedade homeostática). Embora essas conceitualizações não sejam mutuamente exclusivas metafisicamente, a perspectiva das espécies naturais é defendida, enquanto a dos indivíduos desafiada, com base em uma motivação por aspectos empírico-pragmáticos e teórico-explicativos em sistemática e evolução. O capítulo 2 foca no renascimento da morfologia na sistemática filogenética, com base em duas teorias da verdade em epistemologia, i.e., coerência e correspondência, chamando para a unificação de ambas a teorias partir de uma teoria funderentista de justificação epistêmica das hipóteses de relação filogenética. O papel e o significado da morfologia também são discutidos no contexto de análises separadas e combinadas, paleontologia, espécies naturais, conceito de caráter, homologia, sinapomorfia, semaforonte, modularidade e taxonomia. O renascimento da morfologia não é apenas dependente de uma perspectiva científico-filosófica mas também depende de uma reforma política, econômica, social e educacional na sistemática contemporânea. O capítulo 3 é uma filogenia do complexo Ocotea com análise combinada de dados morfológicos e da região nuclear ribossômica ITS. São discutidos o papel e o significado das evidências morfológica e molecular, das análises separadas e combinadas, bem como modularidade e homologia. Subclados dentro do complexo Ocotea são inferidos e delimitados por sinapomorfias morfológicas. Uma perspectiva de classificação filogenética dos gêneros do complexo Ocotea também é fornecida. O capítulo 4 trata de mudanças taxonômicas e nomenclaturais no grupo O. indecora, basicamente sinonimizações, lectotopificações e uma nova combinação. O capítulo 5 é uma revisão do grupo O. indecora, com base na análise de ca. 550 coleções. Chave de identificação, descrições, bem como comentários sobre a circunscrição, distribuição, habitat, fenologia e relações taxonômicas das espécies do grupo são fornecidos.

Approaches as homology, construction of taxa, and phylogeny reconstruction can be contextualized and investigated through a historical and current connection between systematics and philosophy. The present thesis defends this scientific-philosophical connection, having as study case both the Ocotea complex, which embraces 13 genera and 750 species predominantly Neotropical, and the Ocotea indecora group, with 20 species and centre of diversity in the Atlantic forest from Southeastern Brazil. The chapter 1 discusses the conceptualization of taxa and homologies (taxic and transformative) as both individuals and natural kinds (or homeostatic property cluster kinds). Although these conceptualizations are not mutually exclusive metaphysically, the perspective of natural kinds is endorsed, whereas that of individuals challenged, based on the motivation for empirical-pragmatic and theoretical-explanatory aspects in systematics and evolution. The chapter 2 focuses on the renaissance of morphology in phylogenetic systematics based on two theories of truth in epistemology, i.e., coherence and correspondence, calling for a unification of both theories from a fundherentist theory of epistemic justification of hypotheses of phylogenetic relationship. The role and meaning of morphology are also discussed in the context of separate and combined analyses, paleontology, natural kinds, character concept, homology, synapomorphy, semaphoront, modularity, and taxonomy. The renaissance of morphology is not only dependent on a scientific-philosophical perspective but it is also dependent on a political, economic, social, and educational reform in contemporary systematics. The chapter 3 is a phylogeny of the Ocotea complex with combined analysis of morphology and ITS nuclear ribosomal region. The role and meaning of morphological and molecular evidence, separate and combined analyses, as well as modularity and homology are discussed. Subclades within the Ocotea complex are inferred and delimited by morphological synapomorphies. A perspective of phylogenetic classification of the genera of the Ocotea complex is provided. The chapter 4 treats of taxonomic and nomenclatural changes in the O. indecora group, basically synonyms, lectotypifications, and a new combination. The chapter 5 is a revision of O. indecora group based on the analysis of ca. 550 collections. Identification key, descriptions, as well as comments on its circumscription, distribution, habitat, phenology, and taxonomic relationships of its species are provided.