No presente trabalho nós investigamos a história filogeográfica de dois passeriformes: Dendrocincla turdina (Dendrocolaptidae) e Drymophila squamata (Thamnophilidae). As duas espécies são endêmicas de baixadas da Mata Atlântica e boa parte de suas distribuições é coincidente, mas D. turdina chega a altitudes maiores e D. squamata ocorre em uma região disjunta no nordeste onde D. turdina não ocorre. Foram analisadas a estrutura genética das duas espécies e suas histórias demográficas, também foram feitas inferências sobre os processos históricos que poderiam ter contribuído para a diversidade genética que observamos hoje. Para D. turdina foram utilizados sete microssatélites, um marcador mitocondrial e um íntron. Enquanto para D. squamata foram utilizados um marcador mitocondrial e dois íntrons. O primeiro capítulo da Tese aborda os dados de D. turdina, que mostraram ausência de estrutura geográfica e evidências de expansão populacional. A utilização de microssatélites reforçou a possibilidade de ser uma população única, uma vez que, dada a alta taxa de mutação desses marcadores, em geral é possível detectar divergências recentes. A expansão demográfica foi evidenciada e datada a partir do último máximo glacial (UMG) baseado no marcador mitocondrial e no íntron. A computação Bayesiana aproximada (ABC) foi utilizada para testar esse cenário de população única com expansão populacional baseado nos nove marcadores. Os parâmetros estimados foram congruentes com os resultados das outras análises. Parece ter ocorrido um gargalo genético seguido por aumento do tamanho populacional, sendo que no UMG o tamanho efetivo populacional era duas ordens de grandeza menor do que o atual. No segundo capítulo da Tese analisamos a espécie D. squamata, para a qual foram encontradas quatro linhagens mitocondriais separadas geograficamente. Sendo que as linhagens Sul, Centro e Norte parecem ter se divergido durante o Pleistoceno médio, enquanto o grupo Nordeste, composto pela população disjunta, parece ter se diversificado há mais tempo, cerca de 1,1 milhão de anos atrás. Para os clados Sul e Norte foram identificadas expansões demográficas no UMG. Tanto eventos geotectônicos quanto oscilações climáticas do Quaternário podem ter atuado no processo de diversificação; enquanto os rios podem ter contribuído para a manutenção dessas divergências, ao menos entre os clados Norte e Centro. Os grupos genéticos encontrados no presente estudo não condizem com a distribuição geográfica descrita para as subespécies descritas de D. squamata, isso indica a necessidade de uma revisão taxonômica. A divergência do clado Nordeste parece ser bastante antiga e essa linhagem ocorre em uma área reduzida e impactada da mata Atlântica, além de geograficamente isolada das maior área de distribuição do táxon. Isso indica que o clado Nordeste merece atenção quanto à sua conservação. A presente Tese contribuiu com o melhor entendimento da distribuição da diversidade genética das espécies aqui estudadas e da história da biodiversidade da mata Atlântica, trazendo informações sobre dois táxons com histórias filogeográficas diferentes, embora possivelmente moldadas por processos semelhantes.

Here we present the phylogeographic history of two Passerine birds: Dendrocincla turdina (Dendrocolaptidae) and Drymophila squamata (Thamnophilidae). Both are endemic species of the Atlantic Forest lowlands and their occurrence overlaps along most of their geographic distribution, but D. turdina reaches higher altitudes and D. squamata has in a disjunct population in the northeast, where D. turdina does not occur. The genetic structure and the demographic history of both species was studied, and inferences about potential historical processes that could have influenced their genetic diversity pattern were made. For D. turdina we used seven microsatellites and sequences of one mitochondrial (mtDNA) gene and one intron. For D. squamata sequences of one mtDNA gene and two introns were obtained. The first chapter shows that D. turdina does not present population genetic structure but has evidences of population expansion. Microsatellite analyses also show absence of structure and given their high mutation rates, this indicates that there is no evidence of any recent divergences. Results based on mtDNA and intron sequences showed that the demographic expansion started during the last glacial maximum (LGM). Approximate bayesian computation (ABC) was used to test this scenario of a unique population with expansion based on nine molecular markers. The results were congruent with those from other analyses. It seems that a bottleneck was followed by an increase of population size, and at the LGM the population effective size was two orders of magnitude lower than nowadays. The second chapter presents data on D. squamata. Four mitochondrial lineages that are geographically separated were observed. Lineages South, Center, and North seem to have diverged in the middle of the Pleistocene and the Northeast lineage, that grouped the disjunct population, seems to have diverged around 1.1 million years ago. Clades South and North presented evidences of demographic expansions during the LGM. Both geotectonic and climatic oscillations from the Quaternay could have beeen involved in the diversification process; while rivers may helped to maintain the lineages differentiated, at least clades North and Center. The geographic distribution of these lineages did not match the one described for D. squamata subspecies. Thus, indicating that a taxonomic revision is needed. The divergence of the Northeast lineage seems to be old and it occurs in a reduced and deforested area, besides it is geographically isolated from the main distribution of the species. This highlights that the conservation of the Northeast lineage should be granted major attention. This thesis contributed with data on two avian species with distinct phylogeographic histories that could have been shaped by similar processes that occurred in the Atlantic forest.