A Filogeografia é um dos campos mais multidisciplinares da Biologia, e agrega diferentes áreas como sistemática filogenética, genética de populações, geologia, modelos paleogeográficos e paleoclimáticos, demografia e conservação. Assim, além da Filogeografia comparada, apresento resultados importantes para a conservação das espécies estudadas e a descrição de uma espécie críptica. Bombus morio e B. pauloensis são espécies simpátricas que ocupam uma grande área em dois importantes biomas brasileiros, Mata Atlântica e Cerrado. Exceto pelas diferenças na dispersão, maior em B. morio, possuem comportamento e nicho ecológico semelhantes. Os resultados gerados a partir de marcadores moleculares e modelagem de distribuição sugerem que as alterações climáticas do final do Pleistoceno influenciaram a estrutura populacional das duas espécies, e que a maior capacidade de dispersão foi responsável pela ausência de estruturação em B. morio. O leste do estado de São Paulo, no qual foram encontradas diferentes quebras filogeográficas para vários organismos, mostrou-se mais uma vez complexo e com mais um diferente cenário filogeográfico. Além disso, essa região por ser o centro da diversidade genética em B. pauloensis e ter sido estável ao longo da mudanças climáticas para ambas espécies, é prioritária para a conservação das mesmas

Phylogeography is one of the most multidisciplinary fields in Biology and joins different areas such as phylogenetic systematics, population genetics, geology, paleogeographic and paleoclimatic models, demography, and conservation. Thus, besides comparative Phylogeography, I also present important results concerning the conservation of the species studied and the description of a cryptic species. Bombus morio and B. pauloensis are sympatric species, occupying a large area in two important Brazilian biomes, Atlantic forest and Brazilian savanna. Except for differences in dispersal, which is greater in B. morio, both species have similar behavior and ecological niches. The results obtained by molecular data and distribution models suggest that climatic oscillations in the late Pleistocene influenced the population structure of both species, and that a greater dispersal capacity was responsible for the absence of genetic structure in B. morio. Eastern São Paulo state, in which different phylogeographic breaks have been found for many organisms, seems to be complex and to have a new phylogeographic scenario. Furthermore, this region, because it is the center of genetic diversity for B. pauloensis and it was stable throughout periods of climatic change for both species, is a priority for their conservation