O complexo sul americano de Amazona aestiva/Amazona ochrocephala possui ampla distribuição geográfica, compreendendo desde o nordeste brasileiro até o norte da Argentina e do norte da América do Sul até a Bacia Amazônica, respectivamente. Estudos de filogenia e filogeografia indicam que esses táxons não são reciprocamente monofiléticos. Contudo, esses trabalhos foram baseados apenas no DNA mitocondrial. Assim, o presente estudo teve como objetivo realizar uma análise de filogeografia multilocos do complexo A. aestiva/A. ochrocephala da América do Sul. Foram utilizados os locos mitocondriais COI (512 pb) e ND2 (524 pb) de 189 e 146 indivíduos, respectivamente; os locos nucleares autossômicos AMZ-02 (525 pb), AMZ-10 (524 pb) e AMZ-12 (524 pb) de 132, 133 e 132 indivíduos, respectivamente; e um íntron de um gene ligado ao cromossomo Z (PLAA, 473 pb) de 132 indivíduos. A estrutura genética mitocondrial indicou a presença de quatro linhagens que, apesar de incluírem indivíduos das duas espécies, cada linhagem é majoritariamente composta de indivíduos de uma das espécies. Ou seja, nossos dados mostraram maior tendência a separar os indivíduos das duas espécies do que os estudos prévios, mas ainda sem congruência total com a taxonomia vigente. Duas amostras novas se agruparam na linhagem do norte da América do Sul, ampliando sua distribuição e mostrando incongruência com a atual classificação das subespécies de A. ochrocephala. A distribuição geográfica das linhagens possui concordância com diferentes domínios, sugerindo que pressões seletivas dos ambientes podem ter contribuído para sua diversificação. Adicionalmente, os ciclos glaciais durante o Pleistoceno podem ter alguma relação com mudanças no tamanho populacional das linhagens. A estrutura baseada no loco ligado ao cromossomo Z mostrou boa congruência com a atual taxonomia de espécies. O compartilhamento de haplótipos principalmente nas áreas de maior proximidade entre A. aestiva e A. ochrocephala pode ser um indicativo de introgressão. As incongruências entre genética e plumagem encontrados no presente trabalho ressaltam a necessidade de mais estudos para melhor entender as relações dentro desse complexo de espécies. Sob o ponto de vista da conservação, as linhagens mitocondriais podem ser consideradas como Unidades de Manejo distintas. De um modo geral, o presente estudo contribuiu com mais informações sobre o complexo sul americano de A. aestiva/A. ochrocephala e mostra a importância da utilização de mais amostras e marcadores em estudos evolutivos para uma investigação de padrões filogeográficos e histórias evolutivas de maneira mais ampla

The South American Amazona aestiva/Amazona ochrocephala complex has a broad distribution, ranging from northeast Brazil to the north of Argentina and from the north of South America to the Amazon Basin, respectively. Phylogenetic and phylogeographic studies have shown that these taxa are not reciprocally monophyletic. However, these studies were based only on mitochondrial DNA. Therefore, in the present study we performed a phylogeographic analysis of South American A. aestiva/A. ochrocephala using a multilocus approach. Our database included mitochondrial DNA sequences of COI (512 bp) and ND2 (524 bp) from 189 and 146 individuals, respectively; autosomal nuclear sequences of AMZ-02 (525 bp), AMZ-10 (524 bp) and AMZ-12 (524 bp) from 132, 133 and 132 individuals, respectively; and one intron of a Z chromosome-linked gene (PLAA, 473 bp) from 132 individuals. Mitochondrial data recovered four South American lineages. Even though each lineage groups individuals from both species, the majority of individuals from each lineage belongs to one of the species. Thus, our data showed a clearer tendency to separate individuals from each species than previous studies, but still did not fully agree with current taxonomy. Two new samples clustered in the northern South America lineage, expanding its distribution and revealing incongruence between genetic data and current taxonomy of subspecies of A. ochrocephala. The geographic distribution of lineages matched that of different biomes, suggesting that selective environmental pressures may have contributed to their diversification. Additionally, climatic oscillations during the Pleistocene could have influenced demographic changes of these lineages. The genetic structure based on the Z-linked locus fairly agrees with species taxonomy. The overlap of different mitochondrial lineages mostly occured where the geographic distributions of A. aestiva and A. ochrocephala were closer, suggesting that haplotype sharing could be caused by introgression. The lack of agreement between genetic and plumage data indicated that more studies are needed to solve this question. Regarding conservation, mitochondrial lineages could be considered as distinct Management Units. In sum, the present study contributed to improve the knowledge about the South American A. aestiva/A. ochrocephala complex and highlights the importance of using more samples and markers in evolutionary studies