A família Psittacidae possui 332 espécies de papagaios, periquitos e afins, e os táxons Neotropicais formam um grupo monofilético (tribo Arini), dentro desta tribo está o gênero Aratinga. A sistemática deste gênero é mal resolvida, com poucos estudos morfológicos e algumas filogenias moleculares que apontam que não seja monofilético. Porém, é preciso destacar que esses estudos não amostraram uma quantidade representativa de espécies do gênero, o que deixa essas relações incertas. Para melhor compreender a história evolutiva do gênero Aratinga, realizamos uma análise filogenética com 21 das 22 espécies do gênero, o táxon monotípico Nandayus nenday que é proximamente relacionado a algumas espécies de Aratinga e representantes de outros gêneros da tribo Arini. Foram sequenciados cinco genes mitocondriais (12S, 16S, citocromo b, NADH2, COIII) e um nuclear (RAG-1). As filogenias obtidas por máxima verossimilhança e análise Bayesiana foram congruentes e indicam a ausência de monofilia do gênero Aratinga. A maioria das espécies do gênero foi posicionada em três clados com alto suporte, mas que não se apresentam agrupados em um clado monofilético. Estes três clados são congruentes com grupos previamente propostos com base em caracteres morfológicos. Nandayus nenday está dentro de um destes clados, que é grupo irmão de um clado que contém outros quatro gêneros da tribo Arini. A única espécie que não foi incluída em nenhum destes clados é Aratinga acuticaudata, que aparentemente é mais proximamente relacionada aos gêneros Diopsittaca e Guarouba. A maioria dos eventos de divergência das espécies do gênero Aratinga nesses diferentes clados parece ter ocorrido nos últimos 5 milhões de anos (Ma.). Enquanto as estimativas de datas de divergências entre os principais clados sugerem que elas ocorreram durante o Mioceno inicial. O padrão biogeográfico da diversificação dos clados de Aratinga foi complexo, possivelmente relacionado com o soerguimento dos Andes, com múltiplas colonizações da América Central antes e depois do fechamento do Istmo do Panamá e com ciclos glaciais do Pleistoceno. Esses resultados refutam a monofilia do gênero e uma revisão taxonômica do táxon parece ser necessária.

Family Psittacidae includes 332 species of parrots and all Neotropical taxa form a monophyletic group (tribe Arini), among those, is the parakeet genus Aratinga. This genus has an unresolved systematics, with few morphological studies and some molecular phylogenies suggest that it is not monophyletic. However, these phylogenies did not include a representative sample of species of the genus. To better understand the evolutionary history of genus Aratinga, we conducted a phylogenetic analysis that included 21 of 22 species of the genus, the monospecific taxon Nadayus nenday that is closely related to some Aratinga species, plus various taxa from tribe Arini. We sequenced five mitochondrial (12S, 16S, cytochrome b, NADH2, COIII) and one nuclear (RAG-1) genes. The phylogenies were reconstructed based on maximum likelihood analysis and Bayesian inference. Relaxed molecular clock estimates were conducted under a Bayesian analysis for inferring the divergence times of the phylogeny and to study the biogeographic history of these species. The phylogenies recovered by both methods were highly congruent and support the absence of monophyly for genus Aratinga. The majority of the species from the genus Aratinga was placed in three highly supported clades that did not group in a monophyletic clade. These three clades match previously suggested groups based on morphological characters. Nandayus nenday was included in one of these clades, that is closely related to a clade that contains four other Arini genera. The only species that was not included in any of these clades was Aratinga acuticaudata, that seems to be more closely related to the genera Diopsittaca and Guarouba with high support values. Most of the speciation within the Aratinga clades may have occurred during the last 5 Mya., but the divergence times between these clades seems to have occurred during the early Miocene. The biogeograhic pattern of the diversification of the Aratinga clades was complex, possibly related to the history of the Andes, multiple colonization of Central America before and after the closure of the Panama Isthmus and also Pleistocene glacial cycles. These results further refute the monophyly of genus Aratinga and a taxonomical revision may be necessary for the taxon.