As espécies de moscas-das-frutas da família Tephritidae são consideradas importantes pragas da fruticultura mundial por utilizarem vários frutos de valor comercial como substrato para desenvolvimento do seu estágio de larva. O gênero Anastrepha é endêmico do Continente Americano e compreende cerca de 200 espécies descritas, das quais 99 ocorrem no Brasil. Dentre essas espécies, destaca-se a espécie nominal Anastrepha fraterculus (sensu lato), que compreende um complexo de espécies crípticas, quatro das quais foram reconhecidas, até o momento, A. sp.1, A. sp.2 e A. sp.3 (Brasil) e A. sp.4 encontrada no Equador. O presente trabalho buscou a caracterização da variabilidade do espaçador ITS1 do DNA ribossômico de A. sp.1, A. sp.2 e A. sp.3 em amostras populacionais de diversas localidades do Brasil e a análise desse espaçador em amostras de outras regiões das Américas do Sul, Central e México. O ITS1 mostrou ser um marcador bastante útil para análises filogenéticas entre espécies próximas. Os fragmentos amplificados com os iniciadores 18SF e 5.8SR, construídos neste trabalho, continham cerca de 900 pb, não havendo diferenças significativas entre as amostras. Os fragmentos continham uma seqüência parcial do gene 18S, o ITS1 completo e o início do gene 5.8S. O ITS1 variou de 539 a 584 bases. Todos os exemplares apresentaram uma quantidade muito maior de base AT (entre 77,6 a 88,6%). O índice de similaridade entre as amostras variou de 88% a 99,8%. Não foram observadas diferenças significativas intraespecíficas entre as seqüências de amostras populacionais das entidades brasileiras do complexo. A análise filogenética feita pelo programa POY gerou muitas árvores igualmente parcimoniosas. A árvore de consenso estrito agrupou as amostras em clados distintos. O clado (grupo externo) formado por C. capitata e C. rosa foi colocado em um ramo distinto e no outro clado, todas as amostras de Anastrepha. O clado de A. fraterculus, separou as amostras do México e Guatemala das demais, que formaram outro clado. Dentro deste clado, foram formados dois subgrupos, um com as amostras do Peru e Equador e um com as amostras do Brasil e Argentina. Dentro desses clados houve separação em sub-grupos de amostras de cada região geográfica, sendo observada, com algumas exceções uma relação desses grupos com as divisões biogeográficas da entomofauna da América Latina. Desta forma, a análise do ITS1 corrobora resultados anteriores indicando que há claramente três entidades do complexo fraterculus no Brasil (A. sp.1, A. sp.2 e A. sp.3) e que diferentes morfotipos devem existir nas diferentes regiões da América Latina.

Fruit flies of Tephritidae family are important pest for the worldwide fruitculture because many species use commercial variety of fruits as host for the development of thier larval stage. Anastrepha is endemic of the American Continent and comprises about 200 described species, 90 of which occurs in Brazil. Among these species the most important is the nominal A. fraterculus, that, actually, comprises a complex of cryptic species, the so-called "fraterculus complex". Four species of the complex has been characterized, three of which occurs in Brazil (A.sp.1, A.sp.2, A. sp.3) and one in Ecuador (A. sp.4). In the present analyses the ITS1 spacer of the ribosomal genes was characterized by PCR and sequencing, in samples of A. fraterculus s.l. from several populations in Brazil and from different regions of South, Central America and Mexico. Amplyfication was carried out with primers designed in the present analyses, 18SF and 5.8SR, that generate fragments of 900 bp containing a partial sequence of the 18S gene, the complete ITS1 and the initial portion of the 5.8S gene. The length of the fragment did not varied significantly among the samples. The ITS1 size varied from 539 to 584 bp, and contained a very high content of AT, from 77.6 to 88.6 %, among samples. Similarity of the ITS1 sequences was high (from 88% to 99.8%) among the samples, and no signficant intraspecific differences were found in the sequences of samples from different brazilian populations. The POY software produced many parcimonious phylogenetic trees, and the strict consensus tree grouped the samples in distinct clades. First, there was a separation of the clade of Ceratitis species (outgroups) from the clade of Anastrepha. Within this clade A. obliqua was isolated from a large clade containg all the samples of A. fraterculus s.l.. Within A. fraterculus, one clade grouped the samples from Mexico and Guatemala, another clade the samples from Ecuador and Peru and a clade with the samples from Brazil and Argentina. The sample of Colombia was found as independent branch of the tree. In each of these clades there were subgroups of the different samples, and it was observed a relationship of these clades and subgroups to the biogeographic divisions of the entomofauna of Latin America with a few exceptions. The analysis of ITS1 clearly corroborate previous data indicating that there are three biological entities of the fraterculus complex in Brazil. It also indicates that different entities must exist in other regions of Latin America.