Dentre os sistemas naturais de regiões tropicais e sub-tropicais destacam-se os ambientes aquáticos que são representados por diferentes tipos de "habitats" como rios, riachos e lagoas marginais. A bacia do rio Sorocaba é um exemplo destes sistemas, sendo constituída por ambientes variados e, portanto, por condições ecológicas distintas. Tendo em vista a necessidade de caracterizar tais "habitats" por meio de índice de integridade biótica (IBI) e de prover informações ecológicas nesta bacia, foi realizado um estudo limnológico e ictiológico em doze tributários do rio Sorocaba de quatro ordens diferentes. Foram realizadas coletas para a avaliação das variáveis físicas, químicas e biológicas nas épocas de cheia e seca, nos anos de 1999 e 2000. Onze variáveis relacionadas à organização e saúde da comunidade de peixes foram avaliadas para análise do índice de integridade biótica dos "habitats" aquáticos em estudo, sendo essas variáveis selecionadas de maneira a detectar impactos sobre a estrutura da comunidade. Para tanto, verificou-se a riqueza e a abundância total das espécies, além da intolerância e categoria trófica dos indivíduos. Os resultados indicaram que a organização e a saúde da comunidade de peixes foram as variáveis mais importantes para composição do índice de integridade biótica nas três diferentes ordens de rio estudadas (2ª, 3ª e 4ª). De maneira geral, a bacia do rio Sorocaba apresentou-se alterada em relação aos padrões estabelecidos para comunidade íctica nesta última década, o que é indicativo de certo grau de degradação no sistema.

Tropical and sub-tropical rivers distinguish themselves among the aquatic systems in producing different types of habitats such as rivers, stream, creeks and floodplain lakes. The Sorocaba river in the State of São Paulo, Brazil, is an example of this type of system constituted by a variety environments and, hence producing distinct ecological conditions. A limnological and ictiological study of 12 tributaries of Sorocaba river four different stream orders was conducted to characterize these habitats in relation to the index of biological integrity and also to provide ecological information about the environmental conditions on the hydrographic basin. Data on physical, chemical and biological variables were obtained in dry and wet seasons during years 1999 and 2000. Eleven variables related to the organization and integrity of the fishes communityes were evaluated for the analysis of biotic integrity index of the aquatic habitats under study. These variables were selected to detected any environmental impacts on the structure of communities. The species richness and total abundance of the species as well as the intolerance and trophic category of individual were focused for this purpose. The results indicate that the organization and well-being of the communities were the most important variables, in determining the biotic integrity index in three higher stream orders, namely 2nd, 3rd and the 4th. In general, the Sorocaba river showed alterations in relation to the established patterns for ictic communities have been indicating of a certain degree of degradation in the system.