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Master's Dissertation
DOI
Document
Author
Full name
Graziella Ribeiro de Sousa
E-mail
Institute/School/College
Knowledge Area
Date of Defense
Published
Ribeirão Preto, 2018
Supervisor
Committee
Tone, Luiz Gonzaga (President)
Panepucci, Rodrigo Alexandre
Leopoldino, Andréia Machado
Valera, Elvis Terci
Title in Portuguese
Classificação molecular de ependimomas pediátricos
Keywords in Portuguese
Classificação molecular
Ependimoma
Ependimoma de fossa posterior
Ependimoma supratentorial
Abstract in Portuguese
Introdução: Os ependimomas são tumores gliais raros e compreendem o terceiro tumor do sistema nervoso central mais frequente na infância. Apesar dos avanços terapêuticos, cerca de 50% dos pacientes desenvolvem recidiva local e 40% dos pacientes vão ao óbito. Uma das causas do insucesso das terapias é a alta heterogeneidade do tumor e a inconsistência do diagnóstico histológico. Em 2015, foi publicada pela primeira vez a caracterização molecular de ependimomas, sendo descrito nove subgrupos tumorais com perfis clínicos, demográficos e moleculares distintos. Objetivo: Estabelecer e padronizar a classificação molecular em amostras de ependimomas pediátricos e correlacionar a classificação com dados clínicos dos pacientes. Casuística e Métodos: Foram estudados 65 casos de ependimomas, diagnosticados no período entre 2001 a 2016 e provenientes do Hospital das Clínicas da Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto e de São Paulo e do Centro Infantil Boldrini-Campinas. Vinte e seis casos eram ependimomas supratentoriais, classificados com base na presença de fusões gênicas C11orf95-RELA, YAP1-MAMLD1 e YAP1-FAM118B utilizando RT-PCR seguida por sequenciamento de Sanger. Trinta e nove casos de fossa posterior foram classificados em Grupos A, B ou não A e B através do perfil de expressão proteica e gênica dos marcadores: LAMA2, NELL2 e TNC utilizando imuno-histoquímica e PCR quantitativo em tempo real, respectivamente. Resultados: Dentre os ependimomas supratentoriais foram identificadas três amostras primárias e cinco amostras recidivadas com presença de fusão RELA, média de idade de 7 anos (variação de 2,6-13,7 anos), predominância do sexo masculino e grau de ressecção cirúrgica completa. Já a fusão YAP1- MAMLD1 foi identificada em quatro casos, diagnosticados em crianças mais novas, média de idade de 0,9 anos (variação de 0,75-2 anos). Adicionalmente, foi encontrado um caso variante em ependimoma supratentorial, denominado fusão C11orf95-LOC-RELA. Dentre os casos de ependimoma de fossa posterior, foram identificadas 26 amostras primárias e sete recidivas sugestivas de pertencerem ao Grupo A (LAMA2+/ NELL2 -) e seis amostras do Grupo não-A e não-B (LAMA2 +/ NELL2 + e LAMA2 -/NELL2-). Entre os pacientes considerados Grupo A, 90% (24/28) apresentaram marcação positiva para TNC, indicando serem tumores de pior prognóstico. A expressão gênica de LAMA2 e NELL2 apresentou correlação negativa e os genes TNC e LAMA2 uma correlação positiva, p<0,01 e p<0,05, respectivamente. Em ependimoma de fossa posterior Grupo A, os pacientes submetidos às ressecções completa e incompleta apresentaram diferença significativa na sobrevida global (5 anos) de 71,2% ± 14,5% versus 21,4% ± 17,8%, p< 0,01 e na SLE (2 anos) 63,5% ± 14,8% versus 25% ± 15.3%, p <0.001. Conclusões: De acordo com os resultados obtidos foi possível estabelecer a classificação molecular em uma casuística brasileira, seguindo os padrões descritos na literatura. Dados gerados a partir dessa padronização serão de fundamental importância para melhoria da estratificação tumoral, contribuindo tanto para determinação de estratégicas terapêuticas subgrupo-específicas, quanto na busca de novos alvos terapêuticos.
Title in English
Molecular classification of the pediatric ependymomas
Keywords in English
Ependymoma
Molecular classification
Posterior fossa ependymoma
Supratentorial ependymoma
Abstract in English
Introduction: Ependymomas are rare glial cell-derived tumors and comprise the third most frequent central nervous system tumor in childhood. Despite the therapeutic advances, about 50% of patients develop local recurrence and 40% of patients go to death. One of the causes of the failure of the therapies is the high tumor heterogeneity and the inconsistency of the histological diagnosis. In 2015, the molecular characterization of ependymomas was published for the first time, and nine tumor subgroups with distinct clinical, demographic and molecular profiles were described. Aim: To establish and standardize molecular classification in pediatric ependymoma samples and to correlate the classification with clinical data of the patients. Methods: We studied 65 cases of ependymomas, diagnosed between 2001 and 2016, from the Clinics Hospital of the Medical School of Ribeirão Preto and São Paulo and the Boldrini Children's Center-Campinas. Twenty-six cases were supratentorial ependymomas, classified based on the presence of gene fusions C11orf95- RELA, YAP1-MAMLD1 and YAP1-FAM118B using RT-PCR followed by Sanger sequencing. Thirty-nine posterior fossa cases were classified into Groups A, B or non A and B through the protein and gene expression profile of the markers: LAMA2, NELL2 and TNC using immunohistochemistry and quantitative real-time PCR, respectively. Results: Among the supratentorial ependymomas, three primary samples and five relapsed samples with RELA fusion, mean age of 7 years (range of 2.6-13.7 years), male predominance, and degree of complete surgical resection were identified. The YAP1-MAMLD1 fusion was identified in four cases, diagnosed in younger children, mean age 0.9 years (range of 0.75-2 years). In addition, a variant case was found in supratentorial ependymoma, called fusion C11orf95- LOC-RELA. Twenty-six primary samples and seven recurrences suggestive of Group A (LAMA2 + / NELL2-) and six non-A and non-B Group samples (LAMA2 + / NELL2 + and LAMA2 - / NELL2-). Among the patients considered Group A, 90% (24/28) presented positive staining for TNC, indicating that tumors had a worse prognosis. The gene expression of LAMA2 and NELL2 presented negative correlation and the TNC and LAMA2 genes had a positive correlation, p <0.01 and p <0.05, respectively. In the group A posterior fossa ependymoma, patients submitted to complete and incomplete surgical presented a significant difference in overall survival (5 years) of 71.2% ± 14.5% versus 21.4% ± 17.8%, p <0 , 01 and in SLE (2 years) 63.5% ± 14.8% versus 25% ± 15.3%, p <0.001. Conclusions: According to the results obtained, it was possible to establish the molecular classification in a Brazilian cohort, following the standards described in the literature. Data generated from this standardization will be of fundamental importance for the improvement of tumor stratification, contributing both to the determination of subgroup-specific therapeutic strategies and to the search for new therapeutic targets.
 
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Publishing Date
2019-08-16
 
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