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Doctoral Thesis
DOI
https://doi.org/10.11606/T.11.2020.tde-04062020-160041
Document
Author
Full name
Luiz Augusto Cauz dos Santos
E-mail
Institute/School/College
Knowledge Area
Date of Defense
Published
Piracicaba, 2020
Supervisor
Committee
Vieira, Maria Lucia Carneiro (President)
Berg, Cassio van Den
Oliveira, Mariana Cabral de
Percequillo, Alexandre Reis
Title in English
Chloroplast genome evolution in Passiflora
Keywords in English
Passiflora
Chloroplast genome
Genome rearrangements
Phylogenomics
Abstract in English
Chloroplast genomes (cpDNAs or plastomes) are highly conserved in Angiosperms. Although rearrangements have been observed in some lineages, the mechanisms that lead to rearrangements are still poorly elucidated. Our research group initially reported the structural organization of the plastome of Passiflora edulis (Passifloraceae) and rearrangments were identified. It is particularly worth noting that Passiflora presents different patterns of chloroplast inheritance and cytonuclear incompatibility. In order to investigate cpDNA evolutionary history in Passiflora and its possible implications for infrageneric taxonomic classification, a total of 35 complete chloroplast genomes were obtained, sampling for species of subgenera Astrophea, Decaloba, Deidamioides and Passiflora. The organization of the cpDNAs was uncommon, with large variation in size (~60 kb between shortest and longest), and highly rearranged genome structures. In addition, although large inverted repeat (IR) expansions were identified, the exact opposite (loss of an IR) was detected for the first time in Passiflora. This is indeed a rare event in angiosperms. A repertory of rearrangements, such as inversions and losses of genes was also found, making Passiflora one of the few groups with complex chloroplast genome evolution. Interestingly, a high number of rearrangements was detected in subgenus Decaloba, in which biparental chloroplast inheritance occur. A comparative genomic analysis revealed different organizational plastome structures, in accordance with the taxonomic classification within the subgenus Deidamioides. In addition, the plastid phylogenomics resulted in a highly supported tree with polyphyletic placement of Deidamioides species. Based on the combined results, we suggest elevating the status of the section Tryphostematoides (Deidamioides) to subgenus Tryphostematoides. Finally, apart from the contribution of this work to elucidating evolutionary history of Passiflora, our results also show that Passiflora provides a good model for the study of chloroplast genome evolution.
Title in Portuguese
Evolução do genoma cloroplastidial em Passiflora
Keywords in Portuguese
Passiflora
Filogenômica
Genoma cloroplastidial
Rearranjos genômicos
Abstract in Portuguese
Os genomas de cloroplasto (cpDNAs ou plastomas) são altamente conservados em Angiospermas. Embora rearranjos tenham sido observados em algumas espécies, os mecanismos que levam a estes rearranjos ainda são pouco elucidados. Inicialmente, nosso grupo de pesquisa descreveu a organização estrutural do plastoma de Passiflora edulis (Passifloraceae) e rearranjos foram identificados. Particularmente, convém ressaltar que o gênero Passiflora apresenta diferentes padrões de herança cloroplastidial e incompatibilidade citonuclear. Para investigar a história evolutiva dos cpDNAs em Passiflora e possíveis implicações na classificação taxonômica infragenérica, foi obtido um total de 35 genomas cloroplastidiais completos, amostrando espécies dos diferentes subgêneros: Astrophea, Decaloba, Deidamioides e Passiflora. A organização dos cpDNAs mostrou-se não usual, com uma grande variação em tamanho (~60 kb entre o menor e o maior) e estruturas altamente rearranjadas. Além disso, ao mesmo tempo em que grandes expansões das regiões repetidas invertidas (IR) foram identificadas, o extremo oposto, a perda de uma IR foi detectada pela primeira vez em Passiflora, um evento raro em angiospermas. Um repertório de rearranjos, como inversões e perdas de genes, também foi constatado, tornando Passiflora um dos poucos grupos com uma complexa evolução de genomas cloroplastidiais. Interessantemente, um alto número de rearranjos foi detectado no subgênero Decaloba, no qual ocorre herança biparental de cloroplastos. Uma análise de genômica comparativa revelou diferentes estruturas de plastomas de acordo com a classificação dentro do subgênero Deidamioides. Além disso, a análise filogenômica baseada em genes plastidiais resultou em uma árvore de alto suporte, com posicionamento polifilético das espécies de Deidamioides. Combinando os resultados, sugere-se elevar o status da seção Tryphostemmatoides (Deidamioides) para subgênero Tryphostemmatoides. Por fim, além da contribuição deste trabalho para elucidar a história evolutiva de Passiflora, nossos resultados recomendam Passiflora como um excelente modelo para o estudo da evolução dos genomas cloroplastidiais.
 
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Publishing Date
2020-06-05
 
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